由于谷氨酰转肽酶在肝内主要存在于肝内胆管上皮和肝细胞浆中，肝外胆管和肝内梗阻时，就会造成谷氨酰转肽酶排泄受阻，随胆汁返流入血，致使血清谷氨酰转肽酶异常，除了肝脏外，体内如肾、肺、睾丸、心、脑、肌肉也都含有谷氨酰转肽酶，因此当肾盂肾炎、大叶性肺炎、乙型脑炎、心肌炎、胆囊炎、血吸虫病等，都会造成谷氨酰转肽酶的异常。
引起谷氨酰转肽酶偏低的因素是很多，就需要结合者肝功能检查、乙肝病毒DNA检查和B超检查等多种检查，才能够查出谷氨酰转肽酶偏低的原因。急性、慢性肝炎、肝硬化和其他由于肝脏疾病引起的综合性疾病、原发性或转移性肝癌发生，引起谷氨酰转肽酶偏低。肝外原因如胆管阻塞、心肌梗塞、急性胰腺炎、充血性心力衰竭或者服用某些药物引起谷氨酰转肽酶偏低。
肝囊肿转肽酶高其他正常是急性病毒性肝炎时，坏死区邻近的肝细胞酰酶合成亢进，慢性活动性肝炎时谷氨酰转肽酶常常高于正常1～2倍，如长期升高，可能有肝坏死倾向。肝硬化时血清谷氨酰转肽酶的改变取决于肝内病变有无活动及其病因。
谷酰转肽酶高不一定是肝癌。一般大量饮酒者可出现谷酰转肽酶的升高，有胆管疾病的病人，其谷酰转肽酶也会升高。肝癌病人除谷酰转肽酶升高外，甲胎蛋白也会升高，病人应通过超声、强化CT和增强核磁共振等影像学检查或肝脏组织活检等方式进行确诊。
不同医院和不同的试剂，谷氨酰转肽酶的检测标准也是不一样的，平均在3到50左右，如果转肽酶升高，提示肝脏有一定的损伤，有可能来自于酒精性的肝损伤，也有可能有胆管方面的损伤等，另外一些寄生虫疾病，也可以造成谷氨酰转肽酶升高。
导致新生儿谷氨酰转肽酶偏高的原因多种多样。婴儿身体内有炎症或者是黄疸、肝脏问题都是主要的致病因素。大部分黄疸严重的新生儿在做检查的时候就会被发现谷氨酰转肽酶偏高。
