鱼腥草泡水喝的副作用有，虚寒症和阴性外疡者不宜食用，也不宜长期食用，会有损阳气，让体质变得虚弱，鱼腥草毒性很小，食用后有鱼腥臭味，对阴道粘膜有一定的刺激性，鱼腥草具有清热解毒、利尿除湿、清热止痢、健胃消食等症。
复方鱼腥草片为糖衣片，除去糖衣后显棕褐色；味微涩。疗效好能改善患者全身状态，复方鱼腥草片是一种中成药，副作用较小。复方鱼腥草片主要的副作用是对胃肠道有一定的刺激作用，但是对身体影响不大。患者可以放心选用。
鱼腥草性味苦寒，具有清热解毒、消肿排脓的作用，泡水喝一般是起清热解毒的作用，副作用是其性味苦寒，脾胃虚寒之人不宜服用，平人也不宜久服，苦寒之药容易败胃、容易伤阴。
鱼腥草有一定的消肿排脓、利尿的功效。对于一些火热淤积或者小便短赤有很好的辅助治疗作用，但是因为鱼腥草本身属于一种寒凉性质的药材，吃多之后很有可能会导致腹痛、腹泻，或者导致寒凝胃肠引发胃肠刺激症。所以少量食用，一旦出现不舒服的症状，立刻停止饮用鱼腥草水。
由于鱼腥草性寒凉，故体质虚寒的人不宜食用，体质虚寒表现为经常畏寒，肢凉，神疲乏力，自汗畏风，口淡不渴，或喜热饮，小便清长，大便稀薄，面白，舌淡胖，苔白滑。体质虚寒之人食用鱼腥草后可能会加重畏寒、肢冷等症状。
鱼腥草煮水以后饮用具有解毒消炎的功效，可以清除人体中有多种病菌，像流感病毒和肺炎球菌以及金色葡萄球菌等，另外人们饮用鱼腥草煮制的水，还能提高身体免疫力，增加身体中白血球的吞噬能力，可以消炎但是不能直接作用于痔疮上面。
