肾囊肿根据囊肿大小确定治疗方法，单纯性肾囊肿如果囊肿较小，是不需要任何治疗的，只需要定期的进行检查观察囊肿大小。若发现有血尿、尿频、持续性发热等典型的症状，要及时到医院检查和治疗。对于囊肿较大，出现的尿路梗阻、血管闭塞，可以用硬化疗法治疗。如果囊肿巨大，需要进行手术治疗。
肾囊肿一般发病比较缓慢，多见于中老年人，主要是年龄偏大以后出现身体机能的下降，而在肾脏的皮质或髓质形成了憩室，液体积聚在内行成了囊肿。对于它的最佳治疗方法可以采取穿刺抽液，抽液以后注射硬化剂。
在B超的引导之下穿刺引流，把囊肿的液体吸出来，然后往里面打一种无水酒精，叫做硬化这种方法。用腹腔镜在腰上打上2-3个眼，把这个手术完成，病人基本上没有太大的痛苦，手术恢复也非常快。
肾囊肿穿刺硬化术，主要是对于内生性肾囊肿，外凸不明显的患者，另外对于全身情况较差无法耐受手术治疗的患者。囊肿穿刺硬化术多在超声或CT引导下进行，穿刺针进入囊腔后抽出淡黄色囊液，抽吸干净后注入无水乙醇5-20ml，对于酒精严重过敏者禁忌。还可以做腹腔镜肾囊肿去顶术，适合囊肿体积较大，外凸明显，无手术禁忌的患者。
中药治疗没有效果。肾囊肿主要是由于先天发育形成的良性肿瘤，对身体不会造成不良影响，如果直径不超过五公分，也没有腰酸腰痛等不适症状的话，一般不需要特殊治疗，注意休息，避免劳累，定期复查，如果生长速度快，直径超过五公分或出现腰酸腰痛等压迫症状的话，可以考虑手术切除。
