卵巢囊肿一般在5cm以内通过服用药物采取保守治疗；在5cm以上医生会手术治疗。卵巢囊肿不及时治疗，否则可引起内分泌失调、下腹疼痛水肿；如果怀孕容易引发流产；严重者可以导致不孕等情况发生。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿一般恶变率很低，但极个别有恶变的可能性，如果肿瘤指标异常，短期内肿瘤又快速增大，超过5厘米，怀疑恶变，应该尽快手术。如果囊肿体积在三、四公分以内，可以采用保守治疗的方法，只要注意定期复查，观察囊肿的生长情况即可。一般建议3-6个月查一次，如果囊肿体积变化不大，超声下囊壁的回声没有异常，也没有其他的生育要求，可以先进行保守治疗，不用做手术。
也可以，可以采取保守治疗。保守治疗一般是指使用药物进行治疗，这样的药物也较多。通过药物作用让病人暂时停经3～6个月，卵巢内子宫内膜也不会出血，这样卵巢内的囊肿就可能缩小。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
