沙眼衣原体感染的治疗目的是治疗感染，防止产生合并症，阻断进一步传播。治疗原则是早期发现早期治疗，足疗程足量用药，性伴侣须同时治疗。要勤洗澡，不提倡洗盆浴，衣物要单独存放；要经常换洗内裤，特别是新内裤或长久不穿的内裤，穿之前要清洗晾晒；穿透气好、吸湿性强的棉织品内裤，尽量少穿紧身裤或牛仔裤，多穿透气性好的裙装，这对保护女性身体健康是非常重要的。
要及时选择敏感的抗生类或抗感染类药物治疗，平时注意出门避免吹风。儿童如果出现沙眼，一般跟沙眼衣原体感染是有关系的，小儿出现这样的症状并不是很严重，家长也不要太过于担心。
可以使用滴眼液，缓解症状。平时一定要注意用眼的卫生。如果长时间不好就要去医院检查治疗。宝宝用眼不卫生，平时喜欢用手揉眼睛，往往容易出现眼部的感染，包括沙眼，沙眼主要是由于感染了沙眼衣原体后导致的，宝宝有沙眼，会感觉眼睛干，眼睛涩这些症状。
应及时带孩子到正规公立医院眼科就诊检查，明确诊断，查明原因，由专科医生针对病因采取相应的药物和对症治疗。同时要加强护理，出门戴眼镜，避免风沙吹眼睛。清淡饮食，保持眼部清洁卫生，避免用手揉眼睛。
可以保持眼部卫生，消毒，外用一些消炎眼膏敷治疗，不擦眼睛，还要注意休息好，必要时可以服用一些消炎药物进行治疗，一般也有利于恢复，同时注意饮食习惯，不吃刺激性食物更好，观察恢复情况。
儿童沙眼的药物治疗必须谨慎。具体原因应明确界定，因为沙眼有诱发因素，有必要弄清楚是不良的生活环境还是身体虚弱引起的病理变化。尽量避免这些原因，是比较容易治好的，用药量根据儿童的身体状况而定。避免诱发因素的再次发生和复发。平时注意保持眼部环境清洁，不要用不干净的东西擦眼睛。