肾囊肿主要采取保守和手术的方法治疗，不必采取刻意的治疗，只要定期随访观察就行。结石药物治疗应选用脲酶抑制剂，有控制结石长大的作用。非药物治疗包括体外冲击波碎石，是通过X线或超声定位，利用高能冲击波聚焦于结石，裂解结石，使其随尿液排出体外。
有可能是肾部位局部组织细胞异常增生反应引起的肾囊肿，需要依照具体的症状使用软坚散结的药物进行治疗，从而控制肾部位的囊肿，如果症状进一步加重，肾囊肿进一步增大，是需要及时进行手术切除囊肿的。平时需要注意观察具体的反应调节。
如果肾囊肿很小，就不需要治疗。通常小于5厘米的肾囊肿可以通过定期复查予以关注。小囊肿不会引起身体不适，只有一些大于5厘米的大囊肿会压迫身体其他器官，从而导致排尿异常或疼痛。
多吃一些清淡的食物，如新鲜的蔬菜水果等，不能吃过于油腻的食物，也不能吃辛辣刺激性的食物，如果想早点治好，不能只靠药物进行治疗，使用药物治疗只能暂时压制住病情，需要及时的到医院进行治疗。
病人现在检查发现肾囊肿了，但是需要先看看囊肿的大小情况，如果囊肿比较大，超过4厘米，可以带病人再进一步的治疗，比方说手术治疗等，假如病人的肾囊肿小于4厘米，且没有什么不适症状，那么定期的复查彩超随访就行了。
不管注意饮食，甚至吃药，都没有办法确切的把囊肿给弄掉。如果囊肿一直是维持比较小的状态，那就定期一年左右做个B超看一下，如果囊肿很大，大于五六公分，那就可以考虑，进行一个穿刺治疗，或者进行微创的手术，来治疗肾囊肿。
