自然流产第三天了腰疼可能是多种原因导致的，具体分析如下：
如果女性在自然流产后三天会感到腰痛，可能是由于受了某种寒气的刺激，也可能是由于没有休息好，也可能是由于工作过度导致的。在流产后要多休息，不要过度劳累，不要做太多的体力活，要让自己的情绪得到充分的释放。同时要注意保持外阴的卫生，经常更换卫生巾，在一个月之内不能同房。需要到医院做个全面的检查，确定是什么导致了自然流产，然后才能对症治疗。
自然流产会有肚子疼的现象，可以注意观察身体的情况为好的，确定胎囊是不是完全流产干净了，也是要注意腹部保暖，休息好，喝点红糖水，是有利于身体的恢复，要注意定期的复查来确定身体恢复的情况。流产后暂时少吃生冷刺激的食物，按时作息，注意局部卫生，暂时禁止性生活。
常见的原因妇科炎症或者囊肿，建议到妇科做个B超检查。患有侧附件有炎症，在人工流产之后机体的抵抗力下降，就可能在局部出现疼痛的症状。另外当左侧卵巢有囊肿后，在术后刺激也可能会出现疼痛的症状。可以去医院进行相关的检查，明确病因，积极配合治疗。在治疗期间，患者应注意清淡饮食。注意休息，暂不要进行性生活，保持外阴清洁卫生。
自然流产以后出现腰痛，考虑是在流产以后未得到及时的恢复，而导致的后遗症。在自然流产以后，一定要注意休息，避免劳累，不要吃辛辣、冰冻的食物以及冷饮。在流产的时期，女性的机体抵抗力比较弱，如果不注意外阴的清洁卫生，很容易导致子宫内膜炎、盆腔炎及附件炎。
问题分析：一般你说的情况自然流产的话是可以引起肚子疼痛的症状，流产后是否干净，是需要及时做个B超检查下是有必要性的
意见建议：以上你说的情况有残留物的话，是需要及时清宫治疗下，注意术后及时口服消炎药物和促进子宫收缩的药物帮助子宫慢慢恢复的情况。
