化脓性扁桃体炎，首先，需要抗炎、抗感染治疗。因为扁桃体已成为脓性、脓栓等表现，同时，可配合相关药物。如果伴随有扁桃体周围脓肿，需要做切开引流治疗，配合治疗。如果出现憋喘，需加用激素类的药物。
化脓性扁桃体炎会传染，乙型溶血性链球菌为本病的主要致病菌，非溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎链球菌、流感杆菌及腺病毒等也可引起，细菌和病毒混合感染者也较多见。这些病原体存在于正常人的口腔及扁桃体内而不致病。
急性化脓性的扁桃体，需及时的应用抗生素，首病情较轻的可口服，如果病情较重需静脉注射，如果用药3天后症状无缓解，需更换抗菌素，也可行细菌培养，选取敏感的抗菌素。现在临床上细菌和病毒混合感染也比较常见，所以还可以联合应用抗病毒的药物，如果出现剧烈的咽痛和高热可应用解热镇痛的药物。
怎样治疗化脓性扁桃体炎，化脓性扁桃体炎多数是溶血性链球菌感染，采用有效抗菌素治疗，一般疗程不少于十天。化脓性扁桃体炎是由于扁桃体侵入了微生物或病原菌等导致的化脓性的感染。
小儿化脓性扁桃体炎主要是以抗炎、抗感染、对症治疗急性的炎症症状为主。若患儿病情反复，可诊断为慢性扁桃体炎，则在炎症被控制两周时间后，即非急性期进行手术切除治疗。
急性化脓性扁桃体炎是不会传染的。急性扁桃体炎的主要症状是剧烈咽痛，常放射至耳部，伴有吞咽困难。急性化脓性扁桃体炎常有畏寒、高热、头痛等全身症状。平时就要多喝水，注意清淡饮食，也可以在指导下服用一些治疗咽炎的药物。