平时注意减少腘窝的活动，尽量减少膝关节处的刺激，爬楼梯或者长时间蹲的姿势尽量避免对于小的囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。严重的囊肿可考虑手术。
腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
腘窝囊肿的治疗方法有手术和药物。腘窝囊肿是良性的病变，如果较小是可以观察的，但如果增大明显，是需要及时的手术，手术后是有复发的可能，除了手术，没有好的方法，药物是无效的，还是需要及时的就诊，根据情况来处理。
腘窝囊肿是一种比较常见的疾病，腘窝囊肿如果压迫周围组织引起疼痛的症状的话，是需要积极的治疗的，治疗一般是选择手术治疗，也可以选择穿刺治疗，同时要注意术后休息，增加营养，不要吃一些刺激性的食物。
腘窝囊肿病治疗的最有效方法就是行手术切除，只要术中仔细、认真，完全可以把囊肿完全切除，术后很少会复发。虽然因为第一次的手术导致局部组织粘连增加了二次手术的难度，但是只要术中保护好腘动脉，其他操作并非很困难。
腘窝囊肿可以选择局部麻醉下穿刺抽液，囊腔内注入激素，促进黏连，或者再次进行手术治疗，仍会有再次出现复发的可能。如果进行了手术治疗，是很容易出现复发的，考虑是囊壁的残留，关节腔持续的分泌润滑液，导致局部的复发。
