六神丸有一种毒副作用，即引起过敏反应。这与用量无关，而且不论内服、外用均会发生。大都在24小时内，表现为药疹，瘙痒难忍。也有的出现喉头水肿，表现为咽部充血、会厌肿胀、吞咽困难、咽喉梗塞、呼吸不畅等。个别严重者会出现过敏性休克，表现为胸闷、心悸、呼吸急促、面色苍白、头晕昏睡、四肢湿冷等，需立即抢救。
这种药物没有治疗口腔溃疡的作用，这种药物具有消炎止痛的作用，可用来治疗咽喉肿痛，声带息肉，口舌糜烂，牙痛等疾。还具有很强的抗病毒，抗炎镇痛作用，可以增强免疫力，也可以用来增强心肌收缩力，还具有一定的抗肿瘤作用。
六神丸当中的主要成分有麝香、冰片、牛黄、珍珠（豆腐制）、蟾酥、雄黄，主要的功效是通络、消肿、行瘀、止痛。当中的有效成分能抑制毛细血管通透性增高，同时可减少组织的炎性渗出，起到消肿的效果。一天服用三次，温开水吞服。
此药可以治牙痛。此药是一种有清热解毒、消炎止痛作用的中成药，用来治疗咽喉肿痛、口舌生疮等，都有比较好的效果。此药物其中含有麝香，孕妇不可以使用。而且六神丸容易导致胃肠道的不适症状，所以需要在饭后服用。
该药利用方中牛黄清心开窍、珍珠解毒生肌、冰片清热止痛、麝香通络行瘀、雄黄能解毒杀虫以及蟾酥，能消肿止痛、解毒除秽的多种功效使该药具有较强的清理血液毒素，消除局部肿痛的作用，对咽喉肿痛、口舌生疮、痈疔疮毒等均有良好的治疗效果。
