阿托品的副作用一般常见的不良反应为口干、视力障碍、心动过速、皮肤潮红等，极少数过敏者可发生皮疹反应。在高温中暑体温升高等情况下，用药后可致病情加重。如剂量过大则可引起显著的中毒症状，出现焦躁、幻觉、谵妄和抽搐等中枢兴奋症状，严重者可出现昏迷，呼吸麻痹。
阿托品主要作用是缓解平滑肌痉挛，用于治疗胃肠绞痛的。阿托品常用于眼科疾病的治疗，用于治疗虹膜睫状体炎，常用于眼科散瞳等疾病的治疗。阿托品对有机磷有较好的拮抗作用，用于对抗有机磷农药中毒。
一般情况下，阿托品不会对血管和血压造成明显的影响。
主要原因在于很多血管缺乏胆碱能神经，会释放出大量的阿托品，从而缓解小动脉的抽搐，特别是皮肤的血管膨胀，会导致血管膨胀，这和抗m胆碱的效果没有关系。需要根据自身情况在医师的指导下应用相应的药物，日常生活中要根据医嘱和定期服药，同时还要注意饮食方面的问题。
这种药物主要适用于儿童散瞳验光、葡萄膜炎散瞳抗炎及术后抗炎，其使用方法主要是点药前应先洗手，嘱病人向上看，用左手的食指将下睑下拉，将一滴药物滴入下睑结膜囊内，轻轻闭合眼睑。
皮下注射阿托品过多可发生阿托品中毒。
初期阿托品中毒的突出表现是中枢兴奋，瞳孔增宽，球黏膜充血、皮肤干裂、烧灼，常伴有高热等、四肢阵发性抽搐（整组肌群抽动），心率加快，排尿困难或尿潴留。神经系统障碍，出现兴奋，狂躁，谵妄，幻觉和神经精神症状等。重度阿托品中毒主要表现为瞳孔异常散大、对光反射消失、呼吸中枢抑制或者癫痫样大量痉挛、脑水肿、昏迷、甚至发生脑疝威胁生命等。
以上用药不适消失后，不影响日后记忆，无明显后遗症。
