按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。
肛瘘分类有按内、外口分类；按瘘道与肛门括约肌关系分类；按瘘道形状分类；按瘘道深、浅、分支分类；按病理、病因分类等，周期性发作，时有时无，脓液较少。一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。
有低位单纯性肛瘘、低位复杂性肛瘘、高位单纯性肛瘘、高位复杂性肛瘘、直肠前庭瘘等，就认识下低位单纯性肛瘘、低位复杂性肛瘘，这常见的两种，单纯性肛瘘这，简单的说，是只有一个瘘管的，并这种疾病情况，是通过外括约肛深部以下，内口在肛窦的。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘的分类法甚为复杂，目前国内外各学者都按自己对肛肠解剖的认识及临床经验提出不同的分类法，这对临床记录与统计带来了一定的困难。为此，作者根据肛肠解剖，结合近20年的临床记录并参考了国内外的分类，提出了新的分类法，并应用此法统计1，154例的临床资料，阐明肛瘘手术中发现瘘管的位置、形态、病变性质以及肛瘘术。
