导致子宫内膜薄的原因有全身性的，常见的原因有雌激素水平低、孕激素水平不足和存在排卵障碍和缺乏生长激素等，也有局部的原因，例如内膜损伤，粘连和缺如等，在人工流产后，子宫内膜尚未恢复，也会导致子宫内膜薄。
先天因素，部分女性子宫内膜先天偏薄，宫腔的操作，有流产史的女性、存在宫腔操作史，容易造成宫腔粘连或子宫内膜的损伤，子宫内膜结核，结核病毒易侵害生殖器官，造成子宫内膜结核，侵蚀子宫内膜，导致其逐渐变薄。
子宫内膜受到损伤，如多次的人工流产，会导致子宫内膜变薄。另外，如体内的激素水平过低，也会造成子宫内膜变薄。因为生活以及工作上的原因，会导致女性经常出现负面情绪，而直接导致内分泌失调，影响到子宫内膜的厚度。
子宫内膜薄有很多原因：一是因为激素水平不高，不能有效刺激内膜生长。二是可能有反复多次的损伤造成内膜生长障碍，比如人流等。如果是月经不调，一是有可能未在排卵前内膜较厚的时候监测到，二是因为激素水平不够。
子宫内膜薄是因为有的人先天性子宫内膜薄，其次如果是激素水平低，会限制子宫内膜增生及修复，孕激素水平高也会导致子宫内膜薄。去医院做个妇科经彩超，首先看子宫内膜的厚度及卵泡大小数目，看有无占位性病变。也可以查性激素六项评价卵巢功能。
一般初潮龄较迟或初潮后经量过少，第二性征出现较迟，月经后雌激素分泌不足，常见的症状有行经期短、经量极少、甚或点滴即净、色淡红、兼有头晕耳鸣、腰酸腿软、足跟痛等症状。适量的雌激素、孕激素可以在一定程度上增加子宫内膜的厚度，改善子宫内膜薄的症状；多次药流，或者人流动作过重都可能引起子宫内膜薄；子宫发育畸形也是子宫内膜薄的一个原因，但长期以来一直别人们忽略。
