体外震波碎石术的效果是比较好的，碎石后要多喝水多运动促进结石排出。同时要看结石是多大的，如果是六毫米以上到两厘米之间的结石，是可以进行体外冲击波碎石的，如果结石在两厘米以上，需要用经皮肾穿刺手术进行取石。而用碎石手术的效果不太好。
在治疗上应该采取积极的手术治疗，把原发性肝癌的位置进行切除。如果手术不耐受，身体条件比较差，心肺功能又比较差，可以配合中药的巩固治疗。中医对肝内胆管切除以及不能耐受切除的病人都是有很好的作用，可以杀灭血液中残留的肿瘤细胞，还可以通过介入导管的灌注化疗。
肝内胆管癌是不容易治疗好的。手术切除是肝内胆管癌的首选治疗方式。手术的范围要看患者的癌肿部位以及癌肿的大小，通常手术方式包括左右半肝切除术、肝叶的部分切除术，以及肝段部分切除术等。
肝内胆管结石的治疗根据病情的轻重程度及治疗是不一样的。如果经过CT或磁共振评估，肝内胆管结石很少，或者根本没有引起胆道扩张，狭窄畸形，肝脏也无改变，也没有临床症状，那么这种结石可以不用特殊治疗，只需要平时注意避免劳累受凉，少吃油腻食物，必要时可以服用利胆药物即可。而对于有经常发作胆管炎或导致胆管狭窄畸形，或是引起肝脏萎缩，癌变等等情况等，需要进一步手术治疗。
体外碎石后多数在一周之内能排石，管径大概三毫米左右。结石的位置不同，排石的时间也不同，如果是膀胱结石，碎石直接通过尿道即可排出，则排石时间一般都比较短，多数在一周之内即可排干净。
一旦发现肝内胆管癌，常处于中晚期，只有少数能达到根治性切除，部分患者做手术切除不彻底，只能达到姑息性切除，还有部分患者由于发现肝内胆管癌已在腹腔内播散，无进行根治性切除。所以肝内胆管癌切除率较低。肝脏手术属于高风险手术，容易出现出血、术后肝功能衰竭等严重并发症。一般手术死亡率可以控制在3%以下，术后并发症的发生率一般可以控制在30%以下，多数患者通过手术能够康复出院。
