肛瘘脓肿可以手术治疗。瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。肛瘘最大的不良恶果是癌变，一般病程越长越易恶变，为此，患有肛瘘应抓紧治疗，不要拖延病情。
药物治疗就是很好的治疗方法，药物治疗，由于多种广谱抗生素的出现选用的药物应对厌氧菌（尤其是脆弱类杆菌），有效是好的广谱药。目前这种常用于治疗盆腔脓肿的药物是受欢迎的，可以很好的治疗盆腔脓肿。
主要从药物治疗、手术、物理治疗等多方面着手。可有前列腺穿刺抽脓治疗、经会阴部的前列腺切开排脓治疗、经直肠的前列腺切开排脓治疗等法。前列腺脓肿在中医学称为悬痈，穿裆毒，中医治疗是内治、外治结合的治疗方法，主要针对溃脓和未溃脓情等病程分别选择不同的用药与排脓治疗。
如果确认肛周脓肿，那么需要切开引流。手术切开引流后需要外科换药，同时需要静滴抗生素治疗。治疗期间，不要吃辛辣食品，不要吃寒凉的食品，清淡饮食，均衡饮食即可。要生活规律，清淡饮食，多喝水，注意休息，不要挤压肿块。
婴儿肛周脓肿需要手术治疗，可以尽快带宝宝到儿科就诊。小儿出现肛周脓肿，与成年人的治疗方法一样，需要手术切开引流。建议带孩子去医院外科手术切开引流，经常进行刀口换药会慢慢得好起来的。
肛周脓肿的治疗方法是采用综合的治疗手段，包括抗菌素治疗、温水坐浴、局部理疗，口服点药来减轻排便时的疼痛。另外，最主要的治疗方法是手术治疗，也就是进行脓肿切开引流手术。手术方式要根据脓肿的部位不同来选择不一样的手术方式。肛周脓肿切开引流手术后，绝大部分病人会形成继发性的肛瘘，所以有的医生会采用脓肿切开引流加切开挂线手术来避免肛瘘的形成。
