囊肿如果逐渐增大或者引起压迫症状就需要及时手术。有的囊肿自己也是会慢慢萎缩减小的，也是不需要处理的。囊肿只是属于良性的病变的。药物对于囊肿是没有什么治疗作用的。
果单纯性肾囊肿直径大于六厘米以上，或产生了压迫症状，可以通过肾囊肿去顶减压术来得到治愈，但是不能保证肾囊肿不再复发。然而如果是遗传性肾囊肿，通常表现为多囊肾合并多囊肝，目前来说没有办法治愈，仅在多囊肾囊肿较大时，可以通过去顶减压手术来得到缓解。
肾囊肿较小时，一般对肾脏没有危害，较大的肾囊肿可能会压迫肾集合系统导致引流不畅，从而产生肾积水或结石，有的囊肿会引起肾素分泌增多从而导致血压增高，巨大肾囊肿可能会压迫临近器官和组织，从而导致相应症状和损害，囊肿还有可能继发感染，巨大肾囊肿在受到外伤时可能破裂，导致出血休克等。
双肾囊肿严重。双肾囊肿在临床上属于一种遗传性的疾病，常见于双侧多囊肾的病人。一般病人双侧肾脏发生多发性的囊肿，由于囊肿多发，囊肿逐渐的增大会压迫肾实质，从而影响到肾脏的功能。所以，双肾囊肿属于一种比较严重的疾病。
如果不是太大，也没有任何的症状，先不必特殊处理，观察一段时间，如果症状比较严重，引起了腰痛或者是血尿，那就应该进行手术治疗，肾脏的囊肿是一种良性的病变，手术以后是可以这样治疗恢复的。
