手术治疗，手术是一种机械手段，能暂时去掉大的肿瘤，不存在化疗耐药、放射抗拒等问题。化疗药物会降低人体自身的免疫能力，引起严重的白细胞降低，有的甚至会降到每立方毫米不足1000.一些扶正固本的中药可起到抗化疗作用，通过提升免疫能力。
一般使用化疗药物，配合清热解毒，活血化瘀的中药治疗，延长生命为主要治疗目的。现在主要是小肠原发性恶性淋巴瘤，对身体的影响是很大的，经常可能会出现肚子疼痛，肚子不舒服，有时出现恶心呕吐，排便异常，影响了正常的生活。
通常而言小肠间质瘤恶性程度较胃的恶性程度高其复发转移的几率高。手术切除后如果护理不到位，会有转移和复发的可能性。要定期去医院复查看是否有复发。同时也要按时吃药，防止复发的情况出现。需要继续服用抗癌药物并且定期去医院复查看是否有复发。同时也可以在中医的建议下，吃些中医调节下机理，恢复机理平衡。
小肠间质瘤首选的治疗方法是手术切除，对肿块体积较小的倾向为良性的间质瘤，可考虑行内镜下或腹腔镜下切除，但需要考虑到的是所有的胃肠间质瘤均具有恶性潜能，如果切除不充分则有复发和转移的危险。
小肠间质瘤，如果得到积极的治疗，是可以治好。一般良性的小肠间质瘤生长速度相对比较缓慢，基本不会出现淋巴结核远处的转移。如果能及时发现，进行手术切除可以完全治好，获得良好的生存期。间质瘤良恶性的分化跟肿瘤的大小有关。一般超过5cm，肿瘤逐渐出现恶变，可以认为是恶性的间质瘤。恶性间质瘤容易出现复发，甚至破裂，治疗相对比较麻烦。手术切除之后，可以服用靶向药物，也可以得到良好的治疗效果。
小肠肿瘤可以引起腹痛腹泻粘液血便等情况，可以饮食清淡规律加强营养，避免辛辣刺激生冷食物，注意休息避免腹部受凉。就可以当地正规综合性医院普外科就诊检查明确，可以考虑手术治疗小肠肿瘤，术后病检明确，进一步放化疗等综合性治疗恢复。
