乙脑灭活疫苗副作用有局部出现红肿、疼痛，1-2天内消退。少数有发热，一般均在38℃以下。少数有头晕、头痛、不适等自觉症状。偶有皮疹，血管性水肿和过敏性休克发生率随接种次数增多而增加。
乙脑灭活疫苗与减毒疫苗有很大的不同之处，就是因为乙脑灭活疫苗是由死病毒制作而成，副作用比较小，要经过多次的注射，才能在婴儿体内产生抗体。
反复的注射会使婴儿的疼痛和副作用的发生率提高。乙脑减毒疫苗是一种活疫苗，有一定的免疫排斥作用，副作用比较大，但是免疫效果好，接种次数少，对孩子的危害小，更容易为父母所接受。所以，乙脑减毒疫苗优于减毒疫苗。
乙脑灭活疫苗和减毒疫苗的主要区别在于，乙脑灭活疫苗是死病毒制成的疫苗，不良反应发较少，需要进行多次注射后，才能在宝宝体内形成抗体。多次接种又增加了宝宝的痛苦以及不良反应的发生率。而乙脑减毒疫苗属于活疫苗，存在一定的接种排斥，不良反应相对较明显，但是接种效果好，接种次数少，对宝宝的伤害减少，容易被家长接受。因此，乙脑减毒疫苗要比减毒疫苗好一些。
当然是灭活疫苗好，灭活疫苗是病毒失去活性的疫苗，没有任何传染性，接种安全，而减毒疫苗是经过人式培养，毒性减低的疫苗，有些人接种后会有发病的危险。两种疫苗的抗原性是相同的，产生的抗体也一样。
孩子打完乙脑疫苗后发烧一般不会超过三天,乙脑疫苗作为外源性的致热源,可以引起机体发热,这种发热一般大部分孩子都是低热,很少有高热的,持续时间不超过三天,大部分孩子在一天左右。另外，乙脑疫苗接种后的不良反应还包括注射局部红肿、疼痛以及食欲不振、胃肠不适等消化道症状，一般持续3天左右就会自动消失。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
乙脑疫苗比较安全，仅有少数小儿会出现不良反应。注射乙脑疫苗后可出现发热，还可出现头痛、头晕、乏力、寒战等全身症状，也可出现腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道症状，一般在1天内可自然消退。注射乙肝疫苗后还可出现局部不良反应，如注射部位发红、肿胀、出现疼痛、皮温升高等，局部的不良反应一般持续数个小时。
