使血中胆固醇水平升高，嗜睡不醒，头痛或头晕，烦躁不安。心脏血管方面，会引起血压高，心动过速。最常见的是消化系统，有食欲不振、恶心、呕吐、腹泻或是便秘等。此药副作用虽然比较多，但不一定都会出现，与个体差异有关，有轻有重。
本品与色氨酸合用，可造成高血清素综合征，表现为躁动，不安及胃肠道症状。重者可出现肌张力增高，高热或意识障碍。服用本品的应避免饮酒。用本品前后2周内不能使用单胺氧化酶抑制剂，在停用单胺氧化酶抑制剂2周后，开始服用本药时应慎重，剂量应逐渐增加。
帕罗西汀不会加重失眠。帕罗西汀属于5-羟色胺再摄取抑制剂，具有抗抑郁和抗焦虑的双重作用，用于治疗抑郁症或焦虑症。由于部分失眠患者可伴有抑郁症或焦虑症，医生在治疗时，除了让病人服用治疗失眠的药物外，还会给患者服用帕罗西汀，用于改善患者抑郁、焦虑症状。但是长期服用会出现不良反应比如会有嗜睡、失眠、兴奋、体重增加等等。所以帕罗西汀不会加重失眠，还会对焦虑型失眠有改善作用。
这种药并无明显致癌作用，癌症的预防源于健康的生活方式。平时注意保证充足的睡眠及良好的心理状态，坚持规律锻炼身体，多食用新鲜蔬菜水果等。这种药长时间服用对于大部分人来说是安全的。
帕罗西汀可以改善患者的睡眠障碍，包括夜晚很难入睡，减轻乏力感，增强对日常活动的兴趣，减轻患者食欲减退的症状。也可以改善患者在患病期间出现惊恐、心悸、出汗、气短、濒死感的症状。
此药服用2到3周。之后再根据病人的反应看是否需要调整剂量，每周以10mg量递增，每日最大量可达50mg/d。在强迫性神经症患者中，正常剂量20mg/日，每周以10mg量递增，每日最大剂量可达60mg。惊恐障碍患者因其早期症状可能加重，从10mg/d剂量开始，根据病人的反应，每周以10mg量递增，正常剂量为40mg/日，最大剂量可达50mg/日。
