输尿管结石疼痛是由于结石梗阻导致的，而输尿管结石疼痛的位置是由于结石的位置而决定的，不同的位置就可能造成不同的疼痛部位。输尿管结石梗阻于上段输尿管时，产生的疼痛主要位于后腰部或两侧腹部处，并沿输尿管行径，放射至同侧睾丸或阴唇和大腿内侧。
大部分的输尿管结石在输尿管碎石之后很快疼痛就可以缓解了，一般需要3天。有些结石不光滑，或者是比较大，在往下排的时候，可以会对尿道有刺激，或者排到下一个狭窄的时候会重新引起梗阻，疼痛一周左右就会缓解。
输尿管结石疼痛的缓解是需要医疗干预，若是前尿道结石，需从尿道口取出，若是后尿道结石，需将结石送回膀胱，再进行碎石取出，尿路结石是最常见的泌尿外科疾病之一。
如果是输尿管下段的结石，体积小于1cm以下，一次体外冲击波碎石以后，大约3-5天左右结石就可排出，最长不超过1周。但是输尿管上段的结石，可能需要5-7天左右，最长可延长至10天左右才可排出。
输尿管结石因为嵌顿位置不同，导致的疼痛部位也不同，如果在输尿管上段，可能是腰部疼痛，如果在输尿管下段，一般是靠近下腹，但是当排尿的过程中，如果膀胱结石进入尿道，造成尿道堵塞，会引起阴茎疼痛明显。
必须使用一定的止疼药物。在输尿管活动的过程当中，有可能损伤输尿管的粘膜，刺激周围的神经，从而导致疼痛，这种疼痛称为肾绞痛。疼痛一旦发生，想要缓解，如果石头不动，自然而然疼痛就会慢慢减轻。
