一般来说，停经40天b超看不到孕囊的主要原因是以下这些：
1、月经不正常、受孕晚，有的女人月经不规律，一般要40多天才来一次，这个时候，即使检测出来了，受孕的时间也比较晚，在子宫里见到孕囊的时间也比较晚。
2、可能是因为子宫外孕，也可能是因为妇科的炎症，比如输卵管炎。B超检查没有发现孕囊，有阴道出血、腹痛等症状患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。
若月经规则，但停经39天未见孕囊需警惕是否胚胎发育不良、胚胎停止发育。需动态观察血hcg和B超结果明确诊断。若平时月经不规则，周期延长，推迟7天或以上，则停经时间和实际受孕时间不相符，停经40天但实际受孕时间不足40天，有可能做B超未见孕囊。可隔段时间再次复查B超了解胚胎发育情况。
怀孕时间比较短，检查不出来孕囊也是正常的，建议注意卧床休息不要做剧烈的运动，怀孕的前三个月胎儿发育不稳定的，最好等到怀孕三个月的时候再去检查比较好一定要加强身体的营养。注意下是否有出血或是疼痛加剧的情况，如果有要及时检查。
如果怀孕时间很短，在5周内看不到孕囊是由于时间短，长时间看不到可能宫外孕或胚胎发育慢，具体需要观察一星期复查。注意观察有无腹痛及阴道流血与肛门坠胀等宫外孕破裂征象。B超检查还不明显，但也不能排除宫外孕可能。
停经45天B超没有发现孕囊一般有三种可能。一种可能是其实没有怀孕。如果患者怀疑自己怀孕了，可以做人绒毛膜促性腺激素的测定。第二种可能是怀孕的时间比较短。正常情况下怀孕35天能在B超上见到孕囊。如果怀孕的时间比较短，在停经45天时B超没有见到孕囊是正常的。第三种可能是宫外孕。一般是孕囊种植在子宫体腔以外，不容易被发现。如果是在通过抽血检查确定怀孕的情况下，可以一周以后再次复查超声。。
妊娠六个星期看不到孕囊是不正常的。
女性的月经周期28-30天是正常的，停经35天，B超可以在宫腔中看到一个小的孕囊，妊娠6个星期的时候，孕囊的大小可以是2cm,10周的时候大约5cm。孕囊位于子宫的最下面，前面，后面，上面，中间，都是正常的。
女性在月经期间，如果女性的月经延迟，就会导致女性的排卵后错误，怀孕的时候也会不稳定。所以怀孕的时候会有孕囊比实际停经的时候少，如果是在五十天之后，怀孕的时候会发现孕囊有四十多个小时，这个数值就会变得很小。一般是因为怀孕的时候，子宫内的绒毛膜促性腺激素和孕酮数值会慢慢升高，孕囊会持续增长，同时还会有胎芽和胎心。
停经30多天后，验孕棒和绒毛膜促性腺激素都显示有妊娠迹象，停经6周后仍看不到孕囊，说明有宫外孕的可能。
