糖皮质激素对人体有益又有害，具有双面性，因为长时间服用大量的糖皮质激素会诱发或者加剧胃和十二指肠的溃疡；诱发细菌感染；诱发高血压、动脉粥样硬化；诱发糖尿病、癫痫、精神病等，还会导致骨质疏松、肌肉萎缩、多毛、皮肤变薄、高血糖、低血钙，影响儿童的生长发育，过度使用会造成丧失劳动能力。停药后会造成肾上腺萎缩，功能障碍等。
吸入性糖皮质激素是目前治疗哮喘的主要手段，对比口服的激素，吸入性糖皮质激素药物可直达肺部，起效迅速，剂量较小，副作用也较小，安全性相对较高。其主要的不良反应有咽部不适、声音嘶哑，并且可能会出现念珠菌感染，但可通过清水漱口加以避免。长期高剂量的使用吸入性糖皮质激素还会产生肾上腺皮质轴抑制和骨质疏松等全身不良反应。
骨质疏松的形成与糖皮质激素无关。
大部分的骨质疏松症是由绝经期及高龄所致，与糖皮质激素没有关系，多见于更年期妇女及老人，但应用糖皮质激素类药物则会导致二次骨质疏松症，不分男女，而且骨质疏松症的发病及发展迅速。另外，由于其它原因，需要长时间重复使用糖皮质激素，无论是口服或静脉内使用，都要引起注意，尽早发现和处理。
在使用激素过程中可能出现一些副作用。短期系统使用糖皮质激素可出现：情绪改变、神经过敏、高血糖、痤疮样皮损、胃肠道不耐受、食欲增强、失眠、月经改变、水钠滁留、体重增加等。
糖皮质激素失眠可以用中药进行调理。
糖皮质激素使用较多的西药种类，其副作用也比较常见。其中常见的副作用之一是失眠、烦躁和情绪激动。遇到这种情况，可以用黄疸、肉桂分别打开10克水泡服，服用后这些副作用基本上可以消失。因此，对这种激素敏感的患者每次用药都会先服用这一方，晚上不会失眠。对于长期服用激素引起的失眠，用15克黄疸、12克肉桂水煎煮，效果良好。
