小儿口腔疱疹发烧通常是受细菌和病毒感染引起的，建议进行针对性治疗。
小儿口腔疱疹发烧的原因可能是吃了过热过硬的食物，或清洁小儿口腔的时候用力过大，损伤了口腔内膜而发生的发炎、溃烂，会让小儿出现上呼吸道感染，导致发热，此时口腔容易受细菌和病毒感染，引起口腔疱疹。营养不良的小儿发病率较高，平时要多加注意。当体温达到38.5度时，可以进行温水擦拭来降温，或遵医嘱给小儿使用退热药物，无法控制的时候需要去医院及时就诊。
一般情况下，小儿口腔疱疹可能发烧3-4天，具体分析如下：
儿童口腔疱疹主要是因为病毒性感染所致，出现发热3-4天，出现了急性高热和咽部疼痛症状，可以服用一些抗病毒的药物，例如用利巴韦林气雾剂在孩子的嘴巴上喷洒，可以服用儿童咽扁颗粒，如果温度高于38.5℃，可以服用一些布洛芬混悬滴剂，还可以通过物理疗法进行降温，例如用酒精、温湿的毛巾擦孩子的手掌，足底，腹股沟等静脉充盈的地方，促进其散热。
小儿口腔疱疹也称为疱疹性口腔炎，发烧时间为3-4天左右，是口腔黏膜急性浆液性的炎症改变，好发在三岁以下的儿童。小儿口腔疱疹是由病毒感染引起的疾病，通过皮肤黏膜、消化道和呼吸道的接触而感染。属于自限性疾病，病程为1-2周左右，在发烧1-2天之后口腔黏膜会出现单个或者多个疱疹，可有瘙痒以及疼痛。
儿童口腔疱疹，通常认为由病毒感染所致，但是必须与手足口病加以鉴别。如果宝宝口腔出现疱疹，那么很可能是由于病毒侵犯到了口腔粘膜组织而导致。婴儿口腔疱疹可应用抗病毒药物治疗，亦可用双黄连、清热解毒之药，如板蓝根。如果出现皮疹或口腔溃疡等症状时，可选用红霉素、阿奇霉素等抗生素类药物治疗。当婴儿体温高于38.5°C时，可使用美林之类的退热药。家长不要给患儿服用含酒精的药物，以免加重病情或造成不良反应。
此外，家长应该重视儿童口腔卫生，维持其口腔清洁，每日可用淡盐水为孩子含漱，减轻儿童咽部及口腔不适。
口腔疱疹发烧是一种由于缺乏维生素或者是微量元素钙，铁，锌引起的，也可能是柯萨奇病毒感染引起的，多喝水，多吃新鲜的水果蔬菜，可以熬点梨水儿，清热解毒，下下火，加强护理，预防并发症。
考虑疱疹性咽峡炎由于病毒感染引起的，病程在一周到十天左右。需要在指导下口服药物，会反复发烧几天的，反复发烧是由于病原微生物没有完全消灭所致，这种继续配合治疗。