自身免疫性肝硬化的治疗，首先是针对原发病进行对症治疗，临床上可以选用激素给予控制原发病，还需要应用一些保肝药物对症治疗。此外，在饮食方面，注意不要让病人吃一些辛辣刺激的食物，不要吃对肝脏有影响的食物或者药物。可以适量吃一些肉类等蛋白质含量高的食物。
目前自身免疫性脑炎可以通过糖皮质激素、免疫球蛋白等药物来进行治疗，如果有癫痫发作、精神症状等并发症，需要对症支持治疗，同时还需要进行抗肿瘤治疗。
对于合并的疾病，比如癫痫的治疗可以采用抗癫痫药物治疗。
1.糖皮质激素：常规应用糖皮质激素冲击疗法，甲泼尼龙静点后改为口服，逐步减少剂量；如果是轻度的，可以选择服用口服激素，而不是冲击治疗，一般是6个月，期间要观察脑炎的活动情况，同时还要考虑到病情的变化和复发。
2.免疫球蛋白：作为自身免疫性脑炎的第一线免疫疗法，可以提高病人的抗感染、免疫调节功能，如果病情较重，可以配合激素，2~4周反复注射静脉免疫球蛋白，可以反复或多次注射。
3.血浆置换：可以和激素结合，但如果静脉注射了免疫球蛋白，则不能马上进行血浆交换，否则血浆交换很难影响鞘内自身抗体的合成，如果是脑脊液抗体为阳性，血清抗体为阴性，则需要进一步验证。
4.利妥昔单抗：在外周血CD细胞被清除之前，应视外周血CD阳性B细胞水平而定。国外有50%以上的抗N-甲基-D-天冬氨酸受体脑炎。在我国，此药是一种超范围使用的药物，患者要遵守患者的知情同意和药事流程，同时要考虑到患者的感染风险和副作用。
5.环磷酰胺：这是一种二线药物，主要用于对一线药物不敏感的患者，在症状消失后停止使用。
6.吗替麦考酚酯：主要是针对复发病人，对于一线免疫治疗无效的自身免疫性脑炎，对肿瘤阴性的严重的N-甲基-D-天冬氨酸受体脑炎的病人。
自身免疫性脑炎主要有头痛、头晕、发热、反复抽搐、恶心呕吐、咽喉痛、乏力、腹痛、腹泻等一般症状。严重者可出现颅内压增高引起的嗜睡、颅内压增高、意识障碍、偏瘫、麻痹、脑疝等症状。
具有调节和增强人体细胞免疫功能的作用，能促使有丝分裂原激活后的外周血中的T淋巴细胞成熟，增加T细胞在各种抗原或致有丝分裂原激活后各种淋巴因子的分泌。治疗不好自身免疫性肝硬化。
自身免疫性肝炎的预后差异较大，不治疗不会自己好，未经治疗的病人可缓慢进展为肝硬化，或发展为急性、亚急性、暴发性肝病，最终以各种并发症而死亡。除了积极治疗之外，平时要绝对戒酒，荤素搭配，少吃多餐总量控制，少吃油腻煎炸品，多吃新鲜蔬菜水果。饮食要清淡、营养、均衡。适当锻炼，增加身体抵抗力。
单从使用中药治疗自身免疫性肝病效果不是很好，目前一般都是联合西医进行治疗自身免疫性肝病，自身免疫性肝病的治疗目的主要是缓解症状，改善肝功能，减慢向肝纤维化的进展。在西药治疗的同时，可以辩证的使用中医药进行治疗，但是中药并不能作为自身免疫性肝病的主要治疗方式，自身免疫性肝病主要的治疗方式还是以西医为主，中医为辅。千万不要道听途说的全部使用中药进行治疗，这样效果是不会太明显的。