治疗衣原体和支原体的感染方式就是使用药物治疗。药物对治疗衣原体和支原体感染有比较好的效果。如果已经产生抗药性，只有采用手术的方法。手术能够比较彻底的清除衣原体和支原体感染，但是手术也有一个手术的风险。
支原体支气管炎一般是指支原体感染引发的气管炎。如果宝宝存在支原体感染引发支气管炎，可以遵医嘱吃阿奇霉素进行治疗，但是不能一直吃。
阿奇霉素属于大环内酯类一种广谱抗生素，其对于炎链球菌、支原体、衣原体等病原微生物的感染都有很好的治疗功效，一般在治疗5-7天后，便建议更换其它抗炎药物进行治疗。主要是因为在部分宝宝应用阿奇霉素后可能会出现肝功能损伤的情况，并且会引发转氨酶升高。再有就是，一些宝宝服用大环内酯类抗生素物后，容易引发胃肠道症状，如腹泻、恶心等，所以宝宝患有支原体支气管炎不能一直吃阿奇霉素进行治疗。
阿奇霉素大多约1周~2周就能杀灭支原体。
阿奇霉素是大环内酯类消炎药，对支原体感染、衣原体感染的作用，疗程多为10~14天左右。若临床症状相对较轻微，大约一星期内恢复正常，如临床症状较严重，很可能要两个星期，甚至更久。该药对革兰氏阴性菌和阳性菌均有效，尤其是耐药率低，安全性高，治疗期间还应根据病人临床症状配合使用。
阿奇霉素治疗支原体肺炎的疗程一般是先连续静脉点滴五天，症状有明显改善的话可以休息两天之后改为口服阿奇霉素五天，无明显改善的话可以休息两天之后再点滴五天。
支原体衣原体感染的严重程度，取决于它所引起的何种结果。
第一，造成不适，如支原体，衣原体尿道感染等，会引起尿痛或者尿道刺痛。支原体衣原体感染前列腺，就是前列腺炎，会导致尿频，尿急等不舒服。支原体衣原体感染精囊或生殖系统，会造成受孕困难。
因此支原体衣原体的感染严没有严重，需要对病症进行鉴别。
女性衣原体支原体可以通过以下方式进行治疗：
女性衣原体支原体可以通过中药治疗。也可以进行理疗，能够迅速缓解症状，控制炎症的发展。并且患者平时要少吃一些辛辣的东西，多吃一些清淡的东西，比如酒、海鲜、韭菜、羊肉等，多吃一些发物。建议到正规的公立医院进行详细的检查和处理。
