多囊肝、多囊肾，治疗上主要以对症治疗为主，比如多囊肝、多囊肾的患者，如果出现了血尿，患者早期卧床休息，合并感染积极的抗感染治疗。如果囊肿过于巨大，而产生了压迫的症状，比如多囊肾出现腰部的疼痛，肝囊肿出现上腹部的疼痛，这时如果有单个的囊肿比较巨大，可以行去顶减压术，来减轻患者的这种疼痛不适。出现了肝功能的异常或者肾功能衰竭，对症的使用保肝类的药物、保肾降糖类的药物对症治疗。
如果囊肿直接导致了肌酐明显偏高，时候就有必要进行手术治疗了，因为越到后面，肾脏功能影响越大，比较大的囊肿，手术可能起到减压，缓解对附近肝肾组织的压迫作用。
治疗多囊肾可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。
多囊肾是一个常染色体显性遗传性疾病，在临床上是很常见，患者一般在饮食生活习惯以及积极药物治疗基础上，对寿命不会产生太大影响。临床上常见的多囊肾患者，大部分是在30-40岁左右才出现相应的临床症状，随着疾病的发生发展，最终将演化成慢性肾功能不全，甚至进展至终末期肾脏病（尿毒症）。对于尿毒症患者，可以采用肾脏替代治疗，如血液透析、腹膜透析和肾移植。
多囊肾切除手术费用要3000-5000元，多囊肾是由于肾脏固有细胞受损，肾脏发生纤维化，具有滤过功能正常肾单位被纤维组织所代替，失去排毒功能，使毒素在体内堆积不能排出体外。做手术，每个医院的收费标准是不一样的。
多囊肾属于常染色体显性遗传病，如果父母双方有一人患有多囊肾，遗传子女的概率是50%，如果父母双方都患有多囊肾，遗传概率是75%，患有多囊肾，男性比女性会表现的更为重一些。大概在40到50岁之间开始出现肌酐，尿素的升高，并会逐渐进展的尿毒症，最终需要进行血液透析或者是腹膜透析治疗，对于如何避免子女患多囊肾，可以行产前基因检测，来优生优育。
