经过及时治疗，病毒性脑炎通常不会有后遗症。
大部分的病毒性脑炎，如果能够及早发现，及早治疗，通常都能收到良好的疗效。此外，还需要及时的做腰椎穿刺，尤其是少量的脑积液，用有针对性的抗生素或抗病毒药物进行治疗，一般不会留下任何的后遗症。但如果治疗不及时，或采用了错误的治疗方法，则可能有后遗症，如失语、言语障碍、瘫痪、吞咽困难、癫痫等神经系统损害。
一般来说，重度病毒性脑炎有后遗症。具体分析如下：
重度病毒性脑炎大部分可在两周内恢复，但是可能会出现视力障碍、癫痫、脱髓鞘、智力迟缓等后遗症，严重时还可能出现肢体瘫痪、脑萎缩等后遗症。患者需要在医生的指导下使用丙氧鸟苷、无环鸟苷等药物进行治疗。
日常生活中，应当注意养成规律的生活习惯，戒除烟酒，可以进行适宜的体育运动锻炼，有助于增强体质。
儿童病毒性脑炎及时治疗的话，可以不出现后遗症，如果病情严重损伤了脑组织，可以出现后遗症，要及时到医院儿科就诊检查，根据病情采取静脉点滴抗病毒药物治疗。平时注意多喝水。
病毒性脑炎常见的后遗症就是癫痫。这种后遗症的表现多为意识模糊，植物神经紊乱或精神出现功能性障碍。病人会出现突然的意识丧失四肢抽搐，或口吐白沫等现象。所以说病毒性脑炎早期的治疗很关键。发现有病毒性，脑炎后要及早的进行治疗，减少留下后遗症的风险。
病毒性脑炎会有后遗症的，病毒性脑炎如果未及时治疗，会影响脑部脑实质，导致神经元出现坏死，从而残留有一些偏瘫，智力发育障碍等后遗症。出现偏瘫或者肌肉无力等后遗症，多是损伤脑部神经元所支配的肢体不能正常进行活动。这种后遗症没有特效药物进行治疗，只能持续多加进行康复锻炼，通过锻炼恢复肢体正常运动功能。
脑炎的后遗症主要取决于脑炎发生之后脑部受影响的功能部位，产生对应的临床表现，所以要进行及时的诊治，尽可能减少脑炎后遗症。病毒脑炎往往是病毒引起来的，其中有些是在腹泻以后发生脑炎。对于病毒性脑炎的后遗症，可能比知道得比较少，会有多种临床表现，有的人脑膜受到刺激以后，就有脑膜刺激征的临床表现，有些会产生头痛、恶心、呕吐的症状。