经过及时治疗，病毒性脑炎通常不会有后遗症。
大部分的病毒性脑炎，如果能够及早发现，及早治疗，通常都能收到良好的疗效。此外，还需要及时的做腰椎穿刺，尤其是少量的脑积液，用有针对性的抗生素或抗病毒药物进行治疗，一般不会留下任何的后遗症。但如果治疗不及时，或采用了错误的治疗方法，则可能有后遗症，如失语、言语障碍、瘫痪、吞咽困难、癫痫等神经系统损害。
病毒性脑炎的后遗症主要取决于脑炎发生之后脑部受影响的功能部位，产生对应的临床表现，所以要进行及时的诊治，尽可能减少脑炎后遗症。病毒脑炎往往是病毒引起来的，其中有些是在腹泻以后发生脑炎。
儿童病毒性脑炎及时治疗的话，可以不出现后遗症，如果病情严重损伤了脑组织，可以出现后遗症，要及时到医院儿科就诊检查，根据病情采取静脉点滴抗病毒药物治疗。平时注意多喝水。
病毒性脑炎会有后遗症的，病毒性脑炎如果未及时治疗，会影响脑部脑实质，导致神经元出现坏死，从而残留有一些偏瘫，智力发育障碍等后遗症。出现偏瘫或者肌肉无力等后遗症，多是损伤脑部神经元所支配的肢体不能正常进行活动。这种后遗症没有特效药物进行治疗，只能持续多加进行康复锻炼，通过锻炼恢复肢体正常运动功能。
病毒性脑炎如果能及时治疗是没有什么后遗症的，但是如果治疗不及时，会严重危害儿童的身体健康，影响到儿童的智力发育，并会留下不同程度的后遗症，会造成孩子的记忆力减退、智力低下、癫痫或肢体瘫痪等。
癫痫能否治得好，除了药物因素外，还跟患病的病因、类型和年龄因素有关。一般癫痫病人只要通过恰当的治疗后，发作次数可逐渐减少，发作周期逐步延长，三年以上不复发就可算是病情治好。