进行抗感染治疗，如果明确是感染所引起的，可以用抗生素进行治疗，如果在观察期间及时复查，可以看到囊肿急速的增大，并且引起明显的临床症状，影响了日常生活，需要考虑手术的方式。
一旦发现囊肿积极治疗，除非病变很小，周围组织变形也很小，可进行随访观察，一旦囊肿随时间的推移而增大，则采取手术治疗。对于手术以往采用的方法为囊肿，腹腔分流术或开颅囊肿剥离切除术，虽然有一定治疗效果，但体内留有分流管或开颅创伤使病儿和家长产生一定的心理负担和恐惧。
去医院憋好尿做腹部彩超检查，到妇科医院通过正常的常规检查就可以查出来。单纯卵巢囊肿的治疗方案要到医院进行全面检查后根据囊肿大小位置进行选择，如囊肿直径小于5厘米，又无证据提示肿瘤，多为功能性囊肿，可以密切随访，即2－3个月检查一次，以后再调整检查间隔时间，若囊肿直径大于5厘米，则多为卵巢肿瘤，一般需要手术治疗。
具体看女性是哪个部位的囊肿，有卵巢囊肿和宫颈囊肿，一般囊肿不会影响妊娠，如果卵巢囊肿很大，可以怀孕和分娩剖宫产进行囊肿切除治疗，如果不是大囊肿，第一次观察不影响妊娠。宫颈囊肿是慢性炎症。症状不影响怀孕。
颅内囊肿一般是良性病变，生长缓慢，如果没有明显头痛头晕等不适的症状，应该注意养成良好的生活习惯，注意营养均衡，规律作息，避免熬夜和精神紧张，适当运动锻炼，增强体质，定期复查，如果出现头痛头晕等不适的症状，或是囊肿增大，需要手术切除。
