精子畸形率高会影响怀孕。精子化验，正常形态的精子要占到4%左右。如果正常形态的精子小于1%，畸形的精子约99%，这种怀孕的可能性要明显的降低。一定要查清楚畸形精子到底有多少，如果不大于96%，则是一种正常的。因为精子是不断的产生、排出、成熟，只要一次射出的精子正常的占到3%-4%，则是正常范围，一般都可以正常怀孕，太高则容易导致怀孕的可能性明显降低。
精子畸形率高是不易怀孕，但是不能怀孕。精子的受精能力是和精子的正常形态结构密切相关，正常形态结构的精子数量越多，生育力就越强。精子形态异常的越多，受孕能力就越差。
精子畸形是容易导致胎停育的，孕五十天会有胚芽和原始心管搏动，建议一周后进行复查的，如果还没有胎心搏动，那么胎停育的可能性比较大。需要注意休息，注意饮食，可以一周后进行超声检查的。
一般情况下，精子畸形率高却怀孕了能要。具体情况分析如下：
精子畸形率高可能是弱精症导致的，精液中也有部分精子是正常的。因为受孕只需要男性的正常精子与女性的卵子结合即可，一般发育正常、活力较强的精子通过快速向前运动与卵子结合来受精。但是如果继续妊娠一定要定期做产检，因为药物、放射性物质等会影响胚胎发育。
精子畸形率高怀孕，如果精子畸形率没有超过96%，这种怀孕，一般对胎儿没有明显不好的影响，可以正常分娩胎儿。如果精子畸形率高，超过96%，这种精子就是不健康的精子，不容易怀孕健康的宝宝。