子宫内膜异位于卵巢深部，经血潴留形成的囊肿。积血多呈巧克力糊状，常因表面出血或囊壁破损而与邻近器官粘连，病人有月经紊乱、痛经、不孕等表现，可手术切除。异位在卵巢的子宫内膜所引起的，这种异位的子宫内膜，其组织结构与正常位置的子宫内膜相同，也可出现增生或分泌期的改变，并引起月经来潮，由于经血无法排出，积聚在卵巢，形成囊肿。
需要通过手术切除，这样才可以取得很好的效果的，因为巧克力囊肿的发生于子宫内膜移位有关系的，所以在手术后，要服用一些预防的药物，这样才可以取得很好的效果，预防复发的。如果现在囊肿已经出现，单纯的口服药物是不会有很好的效果的。
卵巢巧克力囊肿，是子宫内膜异位到了卵巢引起的。直径在5厘米以下。囊壁容易反复形成小的破裂，破裂后囊内容物刺激局部腹膜及卵巢呈炎性反应，导致卵巢破裂处与周围组织黏连，导致卵巢固定在盆腔内。时间长了，还会引起输卵管粘连阻塞。一旦确诊是卵巢巧克力囊肿，还是尽早手术，防止时间长影响输卵管功能，影响生育。中医治疗效果不太好。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，是子宫内膜异位到卵巢导致的囊肿，多数伴有痛经症状。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变，如果囊肿体积不是很大，没有出现严重的压迫症状，没有出现肾功能不全，可以不用手术，要密切观察定期复查，建议挂妇科。
巧克力囊肿用中药治疗能治好，巧克力囊肿是因为子宫内膜异位到卵巢引起的，很容易引起排卵异常，影响怀孕。平时要注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。
左侧巧克力囊肿的治疗方法为手术，保守治疗的方法多是利用假绝经疗法。妊娠及产后很长一段时间的闭经，对其病灶有很好的治疗作用。如果急着怀孕，可以先试妊娠，能怀孕则可以等生完孩子再考虑手术问题。
