起畸形精子的原因有很多，因此畸形精子症的治疗要消除不利因素（药物、放射线、高温、酒等），针对病因进行治疗。由生殖道感染引起畸形精子症的，可进行抗炎治疗；由内分泌异常所致畸形精子症，则给予内分泌功能调整；对精索静脉曲张引起畸形精子症的，应考虑手术治疗。畸形精子如超过70%，应进行染色体检查，如有染色体病，则治疗困难。
精子畸形的原因有很多。首先吸烟会导致精子畸形，且精子畸形的数目与吸烟时间成正比，吸烟时间越长，精子畸形的数目就越多；还有内分泌失调也会导致畸形率的上升；泌尿生殖系统感染也是造成精子畸形的一个主要的原因，严重时更会导致精子直接死亡。
畸形精子症是正常形态的精子少于50%，畸形精子是指头、体、尾的形态变异，头部畸形有巨大头、无定形、双头等，体部畸形有体部粗大、折裂、不完整等，尾部畸形有卷尾、双尾、缺尾等。
如果是有精索静脉曲张等先天性疾病，可能需要做手机才能治疗。畸形精子症可通过补充生物锌来解决。造成畸形精子的原因主要是因为男性吸烟、喝酒或摄入某些重金属，还有辐射等导致的生精细胞生精异常，都会造成精子畸形率高。除了自身要消除前面说的这些不利因素外，补充生物锌解决是目前比较常用的解决办法，男性可以直接服用育之緣口嚼片来补充生物锌，通过生物锌来修复受损的生精细胞，恢复正常生精功能，从而减少畸形精子的产生。
由生殖道感染引起者，可进行抗炎治疗，由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整，应考虑手术治疗。治疗高畸形率精子症所致不育症应根据引起畸形精子的原因，消除不利因素（药物、放射线、高温、酒等），针对病因进行治疗。畸形精子如超过一半多，应进行染色体检查。
