肝内胆管结石不会自愈。如果患者有手术指征及早进行手术治疗。采取的手术方式是高位胆管切开取石术。如果患者肝内胆管结石造成某一叶的肝脏萎缩，可以行肝部分切除或者肝段切除。
如果胆囊穿孔，是一种非常严重的疾病。由于胆汁在胆囊中，是一种化学物质，如果胆囊破裂，会引起胆汁性腹膜炎、继发性细菌感染、败血症等严重并发症。因此一旦明确需要考虑及时的外科治疗，访问肝胆外科，不能延误治疗时间。
肝内胆管结石不能自愈，需要系统进行医学治疗，多继发于胆道系统感染或者有胆道蛔虫的病史，以及外伤之后导致的胆管损伤，或者先天性发育异常，有解剖胆管变异，容易导致胆汁淤积，继发形成结石。
胆管结石不严重，考虑胆管结石引起腹痛恶心呕吐不适情况，可以注意休息避免剧烈活动劳累，注意饮食清淡规律，忌辛辣刺激生冷油腻食物，可以考虑当地正规综合性医院普外科就诊b超检查看看，较小胆管结石应用一些排石利胆药物治疗观察。
肝内外胆管结石可以吃南瓜子，肝内外胆管结石有可能是先天性病变，比如先天性胆管扩张，这是由于胆管胚胎时期发育异常、病毒感染，胆管神经肌肉发育不良，以及胰胆管合流异常等引起的。
