皮下囊肿可能会癌变，但概率极小。
如果皮下囊肿患者有囊性畸形，那么恶性的可能性较大，一般都是良性的。皮下囊肿切除后需要做好组织切片检查，主要是皮脂腺囊肿，皮样囊肿，皮样囊肿等。通常情况下，头部、面部、筋、躯干等都需要外科手术，如果不是感染或者囊肿，可以完全切除。局部皮肤要不要切掉，要看与周边的肌肤情况。当然，部分缺损的皮肤是可以避免再次出现的，这要看其体积，如果是比较大的，可以尽可能的保存周边的肌肤。
考虑到皮脂腺囊肿是普通外科常见疾病，治疗方法一般局部麻醉下手术切除。大多数皮脂腺囊肿是良性的，通常在切除后会慢慢缓解。手术后定期换药是根据拆线的时间进行的，以防止感染。平时，合理地工作和休息，多吃蔬菜。
身体有皮下脂肪瘤囊肿性的病症，也不疼痛或是没有什么不适的症状，可以不用治疗，观察一下就可以。如果有疼痛的症状，本症比较严重了，有长大的趋势，是这样，那就是进行积极治疗，治疗办法可以选择手术摘除治疗。脂肪瘤是体表最常见的软组织良性肿瘤，只有极少数会恶变。深部脂肪瘤有恶变可能，即变成脂肪肉瘤。因此，即使患病也不必过于紧张。
囊肿的性质、囊肿的生长部位、囊肿的大小、患者的基本身体状况等因素，决定患者采取皮下囊肿手术时是否需要住院。
如果有一些囊肿比较大，又有继发性感染，并且患者本身的情况比较糟糕，同时还有一些原发性的疾病，那么就需要住院。当然，大部分的皮下囊肿手术都不需要住院，只需要在门诊手术室进行局部麻醉即可。
手术后要注意饮食、营养和护理，以促进伤口早日恢复。
皮下囊肿如果比较少且不严重，通常情况下是可以不用管它的。
如果皮下囊肿较多较大，建议患者及时到正规的医院进行检查治疗，避免耽误病情，导致发生感染。
患者平时要注意个人卫生，经常用温水洗脸，保持脸部的皮肤清洁干燥，多喝水，多吃清淡易消化的食物，避免吃脂肪量高油炸的食物。注意休息，保持良好生活作息，避免熬夜，适当的参加户外的活动，增强自身免疫力。
通常情况下，皮下囊肿不会自行消退。
皮下囊肿是生长在皮肤部位的一种良性肿瘤，是否会消除要根据皮下囊肿的类型与囊肿的大小。如果皮下囊肿较小，可能在受到外力的刺激会自行溃败，随时间推移，囊肿会逐渐消退消失。但这种可能性比较小，大多数情况都不会自行消退的，如果是较大的皮下囊肿，一般都要经过手术治疗才能消退。因此，皮下囊肿能否自行消退，与囊肿的类型与大小有关。
