脑干梗塞早期很难根治，如果超早期达到溶栓的适应症，可以进行溶栓，如果效果好，可以溶解血管中的血栓，让血管重新开放，不会留下较大的后遗症。
但对于梗死面积大，血管动脉硬化严重，不稳定斑块破裂的病人，即使提前进行溶栓，一般也会留下一些后遗症，比如吞咽困难，肢体活动不良，麻木，偏瘫，语言迟钝，饮水呛咳等等。
骨折术后的康复治疗与功能训练应遵循早期运动、适当的下床、适当的负荷、持续的功能训练、个体化的不同处理。
积极、消极、积极的运动、推拿、被动的屈伸功能疗法、红外、水疗、温泉等物理疗法、运动功能训练、运动训练等。具体的功能训练可以包括主动联系和被动训练，也可以是坚持训练和功能训练。康复和功能训练主要包括三个方面。初期的恢复时间是两个星期，中间的恢复时间是两个星期到三个多星期，到了后面，则是四个多月到一年的时间，根据恢复的方式和力度也是不一样的。不管是怎样的恢复，都应该在康复医师的建议下做好详细的规划和执行。
脑干阻塞是指脑干梗死，是一种比较严重的脑梗死，需要从以下几个方面进行康复训练：
1、肢体功能恢复：电刺激疗法、体育疗法、运动疗法、加压疗法等都是比较常见的治疗方式。在条件许可的情况下，应尽早下床进行肌力训练、站立训练、步行训练和适当的关节锻炼。
2、认知障碍的康复：包括注意力训练、记忆训练、思维训练等，包括简单的分析、判断、推理等训练。
3、语言障碍的康复：主要针对的是语言障碍，比如口面部肌肉的发音模仿训练，比如听、读、写等。
脑干梗死严重。会累及到患者的意识，容易出现呼吸、心脏骤停甚至可危及到患者的生命。但并不是所有的脑干梗死都是非常严重的，脑干梗死的严重程度与否，与患者脑干梗死的部位、脑干梗死的面积都有密切的关系，比如延髓背外侧的梗死，容易有猝死的风险。
脑干梗塞重度昏迷可能会导致严重的后果，使病人出现呼吸衰竭而死、意识不强等。需要立即送到ICU进行严密的监护和维持，并对其进行气管切开、气管插管、呼吸机辅助呼吸。在药物方面，可加强脱水，降低脑内压力，减轻脑干水肿。对符合要求的患者行消融栓塞，无溶栓的患者行微循环、促进侧支循环、抗血小板聚集等措施。可以口服纳洛酮、醒脑宁等药物，如果出现高烧，可以使用冰帽进行物理治疗。对多种复杂的疾病进行治疗，保持器官的正常运作。
