对于霉菌性阴道炎的病人，这是由于真菌感染所引起的一种阴道炎，所以在治疗上，大多选择抗真菌药物来进行治疗。霉菌性阴道炎可以口服用药治疗，也可以局部用药治疗，对于反复感染的，可以延长治疗的疗程。在治疗的时候需要禁止性生活，避免反复感染。
霉菌性阴道炎的治疗以阴道用药为主，同时可以配合口服药物治疗。临床中常选用的药物有克霉唑、盐酸特比萘芬阴道泡腾片儿、硝呋太尔、氟康唑，孕期可以选择的药物主要是克霉唑和硝呋太尔。用具体用药方法为：除了克霉唑三天使用一次，其他的阴道塞药都是每天一次，连用七天，要求性伴侣同时治疗。
怀孕以后由于体内环境的特殊改变，有时会容易引起霉菌感染。孕妇得了霉菌性阴道炎，不要口服药，以免影响到胎儿。可以用中草药黄柏、苦参、白鲜皮、土茯苓、土槿皮、地肤子各30克，龙胆草20克，水煎趁热熏洗阴部，然后再坐浴15～20分钟，每日两次。关于复杂性外阴阴道念珠菌病的治疗，选择的药物基本同单纯性外阴阴道念珠菌病，无论局部用药或全身用药，均应适当延长治疗时间。妊娠期外阴阴道念珠菌病的治疗原则为：治疗时必须考虑的首要问题是药物对胎儿有无损害；治疗以局部用药为主，不予全身用药；仅限于有症状和体征的孕妇。
首先做好个人卫生管理，用5%的碳酸氢钠溶液清洗会阴，如果症状有明显改善，可以暂时不用进一步治疗，考虑生产之后再规范治疗。症状没有明显改善，阴道上药治疗。怀孕期间，由于激素水平波动，很容易出现阴道分泌物增加诱发，阴道炎的问题，如果已经明确诊断是霉菌性阴道炎。
患有外阴阴道假丝酵母菌病在一天之内是很难治愈的，即便是一天内症状消失了也不代表就完全治愈了，可能只是暂时的得到缓解，患者需要做进一步的治疗。同时也要注意观察症状的变化，如果出现病情反复，就要及时进一步治疗外阴阴道假丝酵母菌病，这种病情非常容易出现反复。如果不注意个人卫生或者平时不注意保持清洁的性生活，就很可能会导致反复发生的。
得了霉菌性阴道炎，可以用碱性溶液如2%到4%的碳酸氢钠或肥皂水冲洗外阴及阴道，改变阴道酸碱度，使不利于霉菌生长。每天更换洗净消毒之内裤。及阴道分泌物显微镜检查均无异常，才算完全治愈。