月经第二天同房了，外面的细菌容易经过阴道宫颈进入宫腔引起宫腔炎、盆腔炎以及痛经，注意尽量保持外阴清洁，观察有没有下腹痛、阴道分泌物增加、腰骶部坠痛等情况，注意避免再次出现这种情况。来月经的时候，外阴阴道宫颈跟子宫腔是相连通的，由于子宫内膜在脱落，血窦打开，外面的细菌较容易逆行性感染，所以经期禁止进行性生活。
月经干净第二天同房是不会怀孕的。
这段时间即使没有进行任何的保护，怀孕的也可能性非常小。怀孕是指在子宫内膜发育到一定的程度后，受精卵就会着床妊娠。女性在经期后的第一日，由于体内的子宫内膜比较稀疏，所以不能达到受精卵着床的要求。在排卵期同房时，有比较高的受孕概率，一般是在下一次来潮的十四日左右。在两个周期之间，女性的排卵期通常会维持2-3天。如果没有怀孕需求，可以采取节育的方法。
来月经第一天同房怎么办需根据实际情况来决定，如果患者月经第一天，阴道流血量非常少，同房的时候非常注意卫生，一般不会对患者造成影响，所以不需要进行特殊的处理’如果患者月经第一天，月经的量较多，同房后需多加注意患者是否出现腹痛，或者是阴道流血、有恶臭味等情况，可以预防性的使用清热解毒的中药，或者是抗生素药物起到避免感染的作用。同时也可以多加观察，如果没有出现异常症状，一般表示没有出现感染的情况，不需要过度担心，为了避免身体健康受到影响，不建议在经期同房。
由于每个女性的月经周期不同，而且月经期也有长短差异，所以在来完月经第二天同房，仍然可能会引起怀孕。因为安全期通常是指月经第一天的前七天和后八天，如果女性月经不规律，月经周期提前，而月经经期又延长，那月经干净后第二天可能是在排卵期，此时会有卵子排出，同房时又未采取避孕措施，就可能会导致怀孕。同时女性在同房时受到性兴奋刺激，可能会引起异常排卵，这种情况也可能会导致怀孕。
在临近月经来潮之前进行性生活，怀孕的几率还是比较小的，如果有月经的来潮则更说明没有怀孕。在女性的整个月经周期中，排卵期时最容易怀孕的时期，这时卵子排出，精子和卵子容易结合。
女性在月经期间是不建议进行性生活的，因为月经期间女性的身体比较敏感，容易受到一些外界因素的影响，如果说在这期间进行性生活，可能会出现一些妇科炎症。注意局部的卫生清洁，同时饮食上少吃辛辣刺激油腻食物。