自然流产没流干净首先要检查B超，根据胚胎组织残留的大小，判断吃药还是手术治疗，具体情况如下：
若直径小于20mm的胚胎组织，可以益母草、五加生化胶囊等活血化瘀的药物，帮助排出胚胎组织。服药1周左右，判断药物治疗效果要去医院复查B超。服药期间适当活动，帮助排出组织物。同时，不吃生冷、辛辣、刺激的食物，可以吃一些蔬菜、水果等。若B超显示组织物直径超过20mm，且数量较多，通常吃药治疗效果不大，建议进行清宫手术。
自然流产通常阴道出血的时间不超过一周，如果在自然流产后一周没有阴道出血的症状。流产后随着子宫内膜的修复，子宫的收缩，如果出血逐渐停止，那么应该就是流产干净了。
自然流产一般阴道出血的时间不超过一周，如果在自然流产后一周没有阴道出血的症状，说明流干净了。一般在自然流产后一周需要到医院做一个子宫附件B超或彩超检查，看看宫腔内是否有残留物的回声，如果宫腔内没有残留物的回声，说明是流干净了。
自然流产一般见于流血量比较多，甚至看到胎囊的流出，具体看有没有残留，需要复查B超，也就是先去做妇科B超，来查看宫腔内是否有残留。如复查B超，宫腔内没有任何残留，说明自然流产是干净的。
自然流产干净后出现褐色血应该及时到医院进一步检查。
自然流产干净后，如果患者出现褐色血，建议做妇科检查，检查子宫有没有压痛和宫颈疼痛，要根据血象来排除感染，因为在被感染的情况下很可能会出血。还要做B超检查，检查子宫内有无积血和残余，如无残余，最好在一星期后做血hcg检查，以确定流产的原因。
需注意，患者只要没有传染或者是其它的不舒服，不用太过着急，可以自己调整自己的状态，一旦出现了感染，就要及时治疗。
一般在2周之内蜕膜慢慢会清理干净。证明自然流产流干净的方法是在流产的15天左右去做B超，看一下宫腔里边有没有残留物，或者自然流产3周左右，测血的HCG，这时候血的HCG可能会降到正常。