肾积水较好的治疗方法为手术治疗。肾积水多是由于泌尿系统梗阻导致，常见原因为泌尿系结石，肿瘤压迫输尿管或泌尿系结核感染导致输尿管狭窄等，多是由于前列腺增生所引起。肾积水的治疗首先应解除梗阻，如为前列腺增生所致，则行前列腺切除手术。如存在输尿管结石，则应行碎石或取石治疗。如为肿瘤压迫引起，则应切除肿瘤或置入双J管解除梗阻。若肾积水时间较长，肾功能严重损害，可考虑行患侧肾切除术。
经皮肾镜取石术，是通过经皮肾穿刺造瘘所创建的通道，经X线荧光透视监控，在内腔肾镜直视下借助碎石和取石器械达到去除结石，解除梗阻的一种技术和治疗手段。开放手术取石术，目前开放手术只适合很少一部分病人，如无功能结石性脓肾、结石合并癌症，或微创技术治疗无效者。
肾积水是十分常见的一种疾病，肾积水主要是存在有输尿管梗阻或者其他的尿路梗阻。输尿管梗阻常见的原因是输尿管狭窄或者输尿管结石，引起肾脏积水。肾积水治疗的关键是及时解除梗阻，如果是输尿管狭窄引起的肾脏积水，通常可以行输尿管切除断端吻合手术，只要将狭窄段去除，就会使肾积水缓解。
通常情况下，孕期右肾积水可以通过药物、手术治疗。
孕期右肾积水，如果明显的有肾绞痛的表现，可以注入硫酸镁针剂、间苯三酚针剂、黄体酮针剂缓解疼痛，并且不危害胎宝宝。与此同时，在局麻下开展输尿管置管手术治疗，将积水注入肾脏功能，可以有效的维护肾脏功能，直到不必出生后，可以进一步查验积水的缘故。如果是尿结石造成的，可以选择体外碎石、内镜下的激光碎石处理结石。
局部处理，对于梗阻部位的病变可用局部处理解决者，如粘连分离，纤维索带切断，血管移位再吻合，结石摘除等，对于局部压迫过长已造成输尿管局部发育严重受损时，应将此段输尿管切除再吻合；病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾、输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行。
左肾积水要根据积水的多少判断，若是刚发现，肾盂不明显可以暂时不处理，观察肾积水的情况即可。
若病情进展，肾实质受压明显，要尽快手术处理，若没有明显变化，可以继续观察，手术治疗肾积水的进展也不能保证，肾盂扩张能否完全恢复。肾积水量较大时，肾实质受压较明显，要尽快手术治疗保证肾功能，若巨大肾区合并感染，要根据左肾情况判断，轻度的感染可以尽早手术，有脓肾、肾功能丧失的情况左侧肾可能需要切除。
