脊索瘤手术方法是取决于脊索瘤的部位和体积大小。1.颅底脊索瘤主要在颅底，肿物靠近脑干，手术暴露困难，很难完全切除，只能进行边缘切除；2.骶椎高位脊索瘤主要在第三骶椎以上，可以根据情况整体切除，手术效果比较差，术后往往容易复发；3.骶椎低位脊索瘤主要在第三骶椎以下，是需要彻底切除；4.脊索瘤无论是原发性于脊柱还是转移到脊柱，是需要根据症状进行手术处理。
手术以后出现明显的脑组织水肿的情况。出现剧烈的头痛头昏，并且颅内压增高，另外有一些脊索瘤术后可能会出现脑脊液漏的情况，脊髓瘤由于其位置较深，想做到手术尽可能最大切除，有可能会造成手术破坏较为广泛。
斜坡脊索瘤以手术治疗为主。由于肿瘤广泛侵犯颅底，与脑干，颅底动脉及颅神经等粘连，全切除较困难，可行大部分或部分切除，以缓解症状，延长生存期。术后辅以放疗，可减轻疼痛及减慢肿瘤生长速度。建议到复旦大学肿瘤医院放疗科就诊，看能否试行适形或调强放疗。
脊索瘤病人的平均寿命大约是6.3年。脊索瘤不进行任何治疗，平均生存率不超过2年。并且复发率相对较高。肿瘤能够完全切除，联合放射治疗，5年复发率可以达到百分之七十对于不能完全切除的复发率可以高达百分百。
脊索瘤擦药是没有用的，尽早去医院就诊，不要自己乱用药。脊索瘤的治疗首选手术治疗，手术要保护器官，又要把组织给拿干净，有时候保护重要器官功能的时候，切除时切不太干净，配合使用放射治疗，从而降低脊索瘤的复发率。
斜坡脊索瘤质子治疗的生存率相对比较低，大约有10%-20%。斜坡脊索瘤本质上是一种良性肿瘤，但是一种恶性的表现，也就是侵蚀颅骨。所以每次手术的过程当中，并不能够完全的消除脊索瘤的残存状态，有可能在后期会复发。