胸腺瘤的治疗原则是一经诊断即应外科手术切除。无论良性或恶性胸腺瘤都应尽早切除。切除的恶性胸腺瘤可根据病理指导术后治疗，部分切除者术后放射治疗可缓解症状，延长存活时间。
根据胸腺瘤恶性程度的不同、手术是否完整切除等，出现复发或者转移的几率也不同，目前认为术后放疗可以降低术后复发或者转移的几率。恶性胸腺瘤可以通过手术大大的延长生存期，是可以治好的。可以延长1-5年。
胸腺瘤在术后以抗感染治疗为主，要保持清洁，饮食要以清淡为主，不可以吃辛辣刺激性含食物，以免不利于恢复。过于冰凉的食物也不宜多吃，多吃有营养的食物，要保持良好心情。
纵隔胸腺瘤有的属于恶性，是属于良性的，如果想要知道是属于哪类的肿瘤，可以通过病理检查就可以确诊的，可以取病变部位的组织进行病理检查，就可以查明这样的病症是属于良性的还是恶性的。
胸腺瘤可以采用胸腔镜下微创手术，根据胸部CT的检查，判断胸腺瘤偏向于哪一侧胸腔。如果胸腺瘤偏向于左侧，就左侧开口进行胸腺瘤的摘除。如果胸腺瘤偏右侧，从右侧胸腔镜下胸腺瘤摘除术。
当转移发生时，肿瘤处于晚期，此时，简单的外科治疗效果不是很好。根据病人的实际情况和肿瘤的病理分类，可以采用化疗或放疗等综合治疗方法。应当在辅助中医治疗的同时，抵抗机体免疫力，提高治疗效果。