碘治疗后常见的短期（1-15天）副作用包括：乏力、颈部肿胀、咽部不适、口干、味觉改变、鼻泪管堵塞、上腹部不适或恶心，以及泌尿道的损伤等。晚期并发症主要是甲状腺功能减低，131碘治疗后引起的一过性甲低，症状较轻，经6~9个月可自行消失。另一种是永久性甲低，需要终身服用替代药物治疗。
用碘131治疗甲亢需要注意服131碘两小时后才能进食。用药后应注意休息，避免过度劳累、情绪激动，以免诱发甲亢危象。一个月内禁服含碘药物、禁食各类海鲜食品，以免降低治疗效果。
放射性碘131治疗产生的辐射是比较小的，通常局限在甲状腺附近，对于周围的影响不大。做完放射性碘131治疗之后，隔离要求是与普通成人接触距离至少要在1到2米以上。而对于孕妇，老人或小孩等特殊人群，要避免接触。隔离时间需要至少坚持1个月以上，当然如果能够隔离的时间更长，放射线的影响肯定会更小。
用碘131治疗甲亢的副作用一般可分为早期毒性反应和晚期并发症两种。早期毒性反应是指在两周内出现的反应，晚期并发症是指在两周后出现的并发症，常见的是消化系统的反应，如厌食、恶心、呕吐等，此外，尚有乏力、头晕，少数病人有皮肤搔痒及皮疹等，经对症处理和休息后可以消失。
碘131具有较强的放射性，会破坏甲状腺组织细胞。碘131还有可能造成患者出现粒细胞减少，咽喉痛，抵抗力下降等症状，要谨慎的选择治疗方式，应该要尽量的减少疾病对于身体的影响。
碘-131治疗甲亢，主要是通过碘-131释放出的β射线，对甲状腺滤泡上皮细胞的破坏，从而达到治疗甲亢的目的，副作用主要是引起甲状腺功能减退。患者一旦发生甲减的情况，需要甲状腺激素的终身替代治疗。还有可能出现放射性的甲状腺炎，重症甲亢的患者需要在碘-131治疗以前，使用抗甲状腺药物的治疗。
