脑炎后遗症的治疗主要鼓励病人做主动锻炼。尽量多活动，让患肢得到运动，利于功能的恢复。药物疗法。理疗是应用电、光、声、热等物理因子预防或治疗疾病脑炎后遗症，理疗能够调整血液循环，改善新陈代谢，提高自身免疫功能，调节神经系统功能，促进组织修复等作用，应用比较广泛。
患有脑膜炎疾病引起癫痫后遗症，应该到正规的医院挂号就诊，明确病因以后，通过药物规范的治疗。治疗癫痫疾病，目前主要是通过药物控制癫痫疾病发作。如果癫痫疾病病灶定位准确的情况下，还可以通过外科手术治疗。
肺炎球菌引起脑膜炎，临床上通常使用头孢曲松等药物进行抗感染治疗。患者感染肺炎球菌后，抵抗力通常比较弱，甚至还会通过血液系的感染导致中欧神经系统病变，对于这些患者可以采取透过血脑屏障的抗生素进行治疗。在治疗期间要适当的多饮用一些水分，避免发生脱水的情况。同时要注意局部的卫生，避免出现感染，同时要注意保持充足的睡眠，对病情恢复有帮助。
脑膜炎后遗症严重。患脑膜炎时，脓性渗出物易堵塞狭小孔道或发生粘连而引起脑脊髓循环障碍，产生脑积水。常见于治疗不当或治疗过晚的病人。由于脑膜粘连，脑脊液循环障碍所致。
药物疗法：病情较轻的患者可以在医生的叮嘱下，服用相关药物，来维持生活。营养治疗：保证患者日常的均衡营养，多吃新鲜的水果和蔬菜，有利于患者体质的增强，对脑炎后遗症的治疗，和康复有一定辅助作用。
