个别的患者在服用以后可能会有咽部不适。另外有些患者在空腹状态下服用可能会导致胃肠道的症状，出现腹胀、消化不良、烧心、反酸、恶心、呕吐，严重的有可能会导致腹痛、腹泻，个别的有可能会产生过敏反应，局部发红，然后皮肤瘙痒、皮疹等。
百令胶囊用药比较安全，很少出现副作用，个别有可能出现胃肠道反应，尤其是空腹状态下服用，有可能引发恶性、消化不良的症状，比较罕见的有可能出现过敏症状，服药过程中药忌烟酒及辛辣、油腻食物。有高血压、心脏病、糖尿病等慢性病严重者，应在指导下服用。
是由冬虫夏草发酵的菌粉制成，具有补肺肾，益精气，止咳化痰的作用。临床研究发现，百令胶囊具有双向免疫调节作用，能够抑制排斥反应和抑制细胞的凋亡。可用于肾脏疾病，比如治疗慢性肾衰，肾移植等，以及肝脏疾病，呼吸系统疾病如哮喘，难治性肺结核等，都有显著的治疗效果。目前对百令胶囊的副作用没看到临床报道。
百令胶囊主要用于肺肾两虚引起的咳嗽，气喘，咯血，腰背酸痛，慢性支气管炎，慢性肾功能不全的辅助治疗。百令胶囊成份为发酵冬虫夏草菌粉。也用于久咳虚喘，劳嗽痰血，阳痿遗精，腰膝疼痛，如慢性阻塞性肺疾病、肺气肿、支气管哮喘、慢性肾功能不全等属于肺肾两虚证。也可用于病后体虚不复或自汗畏寒，有补肾固本，补肺益卫之功。
一般服药大都数应在饭后服用最好，选择在饭前还是饭后服用，主要是根据药物的吸收和排泄时间不同，以及对肠胃是否刺激而定。百令胶囊常用于肺肾两虚引起的咳嗽、气喘、腰背酸痛的辅助治疗，一般在饭后15-30分钟左右服药较好。在饭后服用，可使药性上行。
金水宝胶囊和百令胶囊的效果是基本一样的，但是金水宝中添加了些维生素和少量微量元素，保健效果要更好一些，两种药物的主要成分是发酵虫草粉。这两种药物主要是用于治疗肺肾两虚引起的咳嗽、气喘、咯血，以及慢性支气管炎、肝硬化、高血脂的辅助治疗。
