个别的患者在服用以后可能会有咽部不适。另外有些患者在空腹状态下服用可能会导致胃肠道的症状，出现腹胀、消化不良、烧心、反酸、恶心、呕吐，严重的有可能会导致腹痛、腹泻，个别的有可能会产生过敏反应，局部发红，然后皮肤瘙痒、皮疹等。
是由冬虫夏草发酵的菌粉制成，具有补肺肾，益精气，止咳化痰的作用。临床研究发现，百令胶囊具有双向免疫调节作用，能够抑制排斥反应和抑制细胞的凋亡。可用于肾脏疾病，比如治疗慢性肾衰，肾移植等，以及肝脏疾病，呼吸系统疾病如哮喘，难治性肺结核等，都有显著的治疗效果。目前对百令胶囊的副作用没看到临床报道。
百令胶囊用药比较安全，很少出现副作用，个别有可能出现胃肠道反应，尤其是空腹状态下服用，有可能引发恶性、消化不良的症状，比较罕见的有可能出现过敏症状，服药过程中药忌烟酒及辛辣、油腻食物。有高血压、心脏病、糖尿病等慢性病严重者，应在指导下服用。
百令胶囊是一种中药，没有直接起到减少肌酐的作用。百令胶囊是冬虫夏草制剂，具有保护肾脏，降低尿蛋白，降肌酐的作用，但是它降低肌酐的作用比较弱。百令胶囊起到缓解肾功能异常，修复部分肾功能的作用，主要是滋补作用。
百令胶囊主要用于肺肾两虚引起的咳嗽，气喘，咯血，腰背酸痛，慢性支气管炎，慢性肾功能不全的辅助治疗。百令胶囊成份为发酵冬虫夏草菌粉。也用于久咳虚喘，劳嗽痰血，阳痿遗精，腰膝疼痛，如慢性阻塞性肺疾病、肺气肿、支气管哮喘、慢性肾功能不全等属于肺肾两虚证。也可用于病后体虚不复或自汗畏寒，有补肾固本，补肺益卫之功。
百令胶囊所含虫草菌的组成主要为腺苷，多种氨基酸，甘露醇，麦角醇糖及多种维生素，微量元素等。肾炎体内T细胞活性受抑制，从而导致细胞，免疫功能低下。虫草可以加强T，b淋巴细胞的增殖，虫草在体内也具有这些免疫增强作用，而且在体内还能促使淋巴细胞的分化增殖，从而使附辅助性T细胞分。