引起肝内钙化灶的原因比较多的，常见的原因可以是小结石，炎症，外伤，血管发育异常等。肝内钙化灶指在B超或CT图像上肝脏内出现类似结石一样的强回声或高密度影像，在二十至五十岁的人群多见，男性和女性出现的几率都差不多。
多见于慢性肺部感染，尤其是肺结核感染，经规范化治疗以后病灶吸收不完全，被钙质成分所替代，在影像学上所留下的钙化灶。右肺上叶出现钙化灶多半与结核感染有关，也包括非结核性杆菌，钙化表示不是恶性肿瘤也不是炎症，多为陈旧性病灶。临床动态随访即可，不需要药物及手术治疗。
脑内的钙化灶是基底节的苍白球，脑室内的脉络丛，松果体，小脑的齿状核等部位出现问题，但是有些疾病，比如甲状旁腺功能异常可以导致病理性的变化，脑内有较多的钙化灶，可以出现头部不适感，甚至抽搐发作等表现。
肝上钙化灶主要是肝脏内出现结石，通常患有慢性肝炎、肝血管瘤、肝内胆管结石等疾病的可能会引起肝内钙化，经常发生在20到50岁年龄段之间，通常发生单个钙化灶，在初期无明显症状，病情恶化会引起消化道症状，还会出现上腹部疼痛、发热、乏力，需要定期去医院做腹部B超、CT和体格检查，多休息，防止病情恶化。
前列腺增大伴钙化灶是随着前列腺增生，会伴发前列腺炎症，炎症的一个很特别的一个后果是有大量的钙化灶，也就是炎症引起的，炎症物质在前列腺组织内，形成一层微结石，临床上叫钙化灶。
由于肝细胞损害后，瘢痕钙化后形成的病灶，既然是钙化灶，在肝脏的肿瘤，恶性肿瘤、肝癌的病人，肝脏里也可能会出现钙化灶。所以首先要排除肝癌的情况，才能确定，单纯肝内钙化病灶一般不会癌变。
