药物治疗，主要是使用抗生素药物，对于肾囊肿染病病因进行用药，控制症状；手术疗法，细针穿刺抽液和开放手术，前者系在B超指引下用长穿刺针从皮肤刺入囊肿，吸出囊液。
切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，观察肾功能恢复情况若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术。穿刺疗法，可以采取B超引导下肾囊肿穿刺的方法，穿刺将囊肿的液体完全抽出，然后注于药物，从而使囊壁不再分泌一些液体。
肾脓肿的饮食方面，以减少辛辣刺激的食物为主，戒烟戒酒，同时对其他营养丰富的食物要多食，如牛肉，羊肉，鱼肉及新鲜水果，包括苹果、桃子、香蕉、梨子等，都可以多吃。
还要多吃有营养的食物，患者一般恢复较快，无论是在做手术之前，还是不进行手术，患者术后、术前康复都更为迅速，更有利于脓肿的吸收。
对肾脓肿一定要及时到泌尿外科检查，并给予抗生素治疗，抗生素应用时，若脓肿很小，可望获得早期吸收痊愈。如果脓肿体积大，病人也需做B超导向肾脓肿穿刺引流治疗，穿刺引流时加强营养并联合应用抗生素，可望使脓肿获得完全根治。
对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，以缓解膀胱刺激症状，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状；穿刺疗法，可实行穿针刺疗法，从皮肤刺入囊肿，吸出囊液，暂时性减轻疼痛。
抗生素治疗，对于肺脓肿要做到早期，有效和彻底地给予抗生素类的药物的治疗；可以进行b超或者ct引导下穿刺引流，将脓液引流的同时再使用抗生素类的药物，可以达到良好的治疗效果。
腹腔镜下肾脏囊肿去顶减压手术，手术创伤小、恢复快。另外，如果是不能耐受手术治疗的患者可以采用囊肿穿刺抽液治疗。对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。