肾囊肿是在肾脏发育过程中有部份肾小管发生了阻塞不通，导致肾小球内产生的尿液不能排出到肾盂内而在肾内积聚成为一个小“水泡”。少量的肾囊肿基本不影响肾功能。过多的肾囊肿一方面因为闭锁的肾小球会减少肾脏的有效产尿功能，另一方面逐渐增大的囊肿会压迫周围的健康肾组织而进一步降低肾的排泄功能。只要出现囊肿就是不正常的。没有大小之分。定期做肾排泄功能检查。
肾囊肿如果较大，比较明显的压迫肾实质导致肾实质变薄，或者可能与肾盂接触导致肾盂、肾盏受压，可能会引起尿蛋白，也就是蛋白尿，但患者还需要去肾内科积极就诊，以排除其它疾病导致的蛋白尿，如肾病综合征或者肾炎综合征也会引起尿蛋白，但患者应该明确是否存在血尿、蛋白尿、高血压、水肿或者高脂血症。
肾囊肿患者的肾脏变得沉重，下坠牵拉，也会引起腰部疼痛。疼痛症状的特点为隐痛、钝痛，固定于一侧或双侧，向下部及腰背部放射。如肾囊肿有囊内出血或继发感染，则会使疼痛突然加剧。如肾囊肿合并结石或出血后血块阻塞尿路，则可出现肾绞痛。
右侧肾囊肿会引起腰疼。比较小的囊肿在检查时容易发现，极少数可能会因为囊肿破裂出现肉眼血尿、尿常规检查有潜血等表现，任何症状的，都可以不用做任何的处理，定期做彩超复查，随访观察即可。
肾囊肿是否会引起腰疼，要看囊肿的部位、大小和数量。囊肿直径小于五厘米的情况不会有任何感觉和不适。若囊肿直径比较大，会产生疼痛，如是合并感染，会因为感染出现发热胀痛的情况。
可以先做腹腔镜肾囊肿手术，然后再做体外碎石或输尿管软镜碎石术。可以进行体外碎石进行手术治疗。肾结石合并有肾囊肿治疗上需要根据结石与囊肿大小综合考虑。
