体积较小不严重，体积大是严重的。脑囊肿的严重程度主要和大小和生长位置有关。体积较小没有不适这类脑囊肿是不严重的，脑囊肿体积比较大，有头痛、恶心、肢体功能障碍，严重者会出现癫痫，相对比较严重，需要手术治疗。
脑囊肿可分为蛛网膜囊肿和室管膜囊肿，前者占绝大多数，后者少见。蛛网膜囊肿是脑脊液样的囊液被包围在蛛网膜所形成的袋状结构而成，最常见于中颅底、桥小脑角、鞍上和颅后窝等。可致颅内高压，引起脑水肿、脑疝，危及生命。
可以考虑手术治疗。手术方法以显微镜下切除囊肿壁，严密缝合囊肿，以蛛网膜下腔的通道为主要治疗策略。对无症状者以及MRI显示囊肿和临床症状不明显者，一般不需要处理，可先行观察。
一般不用治疗。患者每年定期到正规医院做彩超，监测囊肿发展，一般对肾脏功能不会产生多大的影响。但是如果当囊肿长得足够大的时候，就可能会对正常的肾组织产生挤压作用甚至影响到肾功能。通常可以考虑做穿刺抽液把囊肿里面的液体抽掉，然后注射无水酒精硬化囊肿，达到缩小囊肿的目的。
肛周囊肿需要治疗，可以手术治疗，肛周脓肿一般多因为肛门窦发炎所致，如果已经形成脓肿，手术为好，肛周脓肿多合并肛瘘，所以手术时要注意有无肛瘘的内口，必要时进行挂线治疗，饮食禁忌，辛辣油腻等刺激性食物。
