脑磁共振可检查血管疾病，如脑缺血，脑梗塞，脑出血，血管畸形等；可检查肿瘤病变，如良性囊肿，垂体瘤，脑膜瘤；恶性，胶质瘤，脑转移瘤等；可检查头外伤，如脑挫裂伤等；可检查鼻窦占位，鼻窦炎症。
脑磁共振可检查脑缺血、脑梗死、脑出血、占位性病变等。导致头痛的原因很多。常见原因，如休息不良或紧张性头痛，也可由高血压、脑血栓形成、脑供血不足、脑血管畸形、急性感染引起的发热性疾病如感冒、肺炎等引起。此外，颈椎病也会导致头颈部疼痛。服用特殊药物和遭受创伤也可能引起头痛。
做核磁共振是可以查出来是否有垂体瘤的，脑磁共振对于诊断脑垂体瘤具有非常重要的作用，而且磁共振检查是垂体瘤影像学检查首选的方法。通常通过磁共振检查可以了解肿瘤与海绵窦、脑池、颈内动脉、第三脑室的关系。但是，脑垂体瘤如果合并库欣综合征，有25%-45%的肿瘤在磁共振上不能显示，此刻需要依据症状及相关激素检查予以辅助诊断。
脑梗死磁共振检查是较先进的检查，成像更清楚，与CT相较而言，脑磁共振能看到更多的信息。一些CT显示不出的异常，但在磁共振上则能显示清楚，例如，局灶性脑皮质发育不良。检查费用高和普及程度低，是磁共振检查的缺点。脑梗塞严重与否要结合核磁共振检查看脑梗塞的n部位面积等结合评估。
主要是检查有无器质性病理改变。对慢脑神经器质性脑神经损害可以确定病变性质。但脑神经功能障碍分功能性和器质性，查出器质性多难以治好。功能性则不同。通过正确的治疗还是可以恢复或近于恢复。
